Hóa đơn và kế toán thuế của phòng khám tư nhân đóng vai trò quan trọng trong việc bảo đảm hoạt động tài chính minh bạch và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với cơ quan nhà nước. Ngoài việc cung cấp dịch vụ khám chữa bệnh, phòng khám cần xây dựng hệ thống kế toán phù hợp, quản lý doanh thu, chi phí và hóa đơn điện tử đúng quy định để hạn chế rủi ro pháp lý cũng như nâng cao hiệu quả quản trị tài chính.
“Dòng tiền sau mỗi ca khám” – Vì sao kế toán và hóa đơn quyết định sự an toàn pháp lý của phòng khám?
Sau mỗi lượt khám, phòng khám có thể phát sinh đồng thời nhiều khoản thu: tiền khám, tiền xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh, thủ thuật, thuốc, vật tư y tế, gói khám sức khỏe, dịch vụ theo yêu cầu và phần chi phí người bệnh cùng chi trả khi khám bảo hiểm y tế. Mỗi khoản tiền đều phải được nhận diện đúng bản chất, ghi nhận đúng thời điểm và có chứng từ phù hợp.
Nếu phòng khám chỉ quan tâm đến tổng số tiền thu được cuối ngày mà không theo dõi chi tiết từng dịch vụ, người thực hiện, phương thức thanh toán và hóa đơn tương ứng, số liệu rất dễ bị chênh lệch. Đến khi cơ quan thuế, cơ quan bảo hiểm xã hội hoặc cơ quan quản lý y tế kiểm tra, phòng khám có thể không giải thích được vì sao số lượt khám trên phần mềm chuyên môn khác với số hóa đơn đã phát hành hoặc số tiền thực nhận trong tài khoản ngân hàng.
Luật Kế toán yêu cầu nghiệp vụ kinh tế, tài chính phải được phản ánh đầy đủ, kịp thời, rõ ràng, chính xác, trung thực và có khả năng kiểm tra, đối chiếu. Chứng từ kế toán là căn cứ để ghi sổ, trong khi hệ thống sổ sách và báo cáo tài chính phản ánh toàn bộ tình hình tài sản, doanh thu, chi phí và nghĩa vụ của đơn vị.
Đối với phòng khám, kế toán vì thế không chỉ là công việc kê khai thuế cuối tháng hoặc cuối quý. Đây còn là hệ thống kiểm soát giúp cơ sở chứng minh:
Doanh thu đã được ghi nhận đầy đủ;
Tiền người bệnh thanh toán đã được quản lý minh bạch;
Hóa đơn được lập đúng thời điểm;
Chi phí phát sinh có căn cứ hợp pháp;
Thuốc và vật tư có nguồn gốc;
Tiền lương, tiền công của bác sĩ được kê khai đúng;
Dịch vụ thực hiện phù hợp với giấy phép và danh mục kỹ thuật;
Số liệu kế toán thống nhất với phần mềm khám chữa bệnh;
Các khoản BHYT và dịch vụ tự nguyện được tách riêng;
Không có tình trạng thu một khoản nhưng ghi nhận thành một khoản khác.
Một hệ thống kế toán tốt không làm mất đi nghĩa vụ thuế của phòng khám. Ngược lại, hệ thống này giúp cơ sở xác định đúng nghĩa vụ, nhận diện các khoản chi phí hợp lệ và hạn chế việc phải giải trình, điều chỉnh hoặc bị ấn định thuế do thiếu hồ sơ.
Đặc thù tài chính của phòng khám tư nhân
Hoạt động tài chính của phòng khám tư nhân có nhiều điểm khác với doanh nghiệp chỉ bán một loại hàng hóa hoặc cung cấp một dịch vụ đơn lẻ. Trong cùng một lượt tiếp nhận người bệnh, cơ sở có thể phát sinh nhiều nghiệp vụ liên quan đến chuyên môn, kho thuốc, vật tư, tiền mặt, ngân hàng và công nợ.
Một ca khám thông thường có thể bao gồm:
Phí khám ban đầu;
Phí khám chuyên khoa;
Chi phí xét nghiệm;
Chi phí siêu âm, X-quang hoặc kỹ thuật chẩn đoán;
Chi phí thủ thuật;
Thuốc sử dụng trực tiếp tại phòng khám;
Thuốc giao cho người bệnh mang về;
Vật tư tiêu hao;
Phí cấp giấy khám sức khỏe hoặc hồ sơ y tế;
Khoản thu thêm đối với dịch vụ theo yêu cầu;
Khoản được quỹ BHYT thanh toán;
Khoản người bệnh cùng chi trả hoặc tự thanh toán.
Các khoản này có thể được thu bằng tiền mặt, chuyển khoản, quét mã QR, thẻ ngân hàng hoặc thông qua một nền tảng trung gian. Nếu phòng khám không thiết lập mã dịch vụ và quy trình đối soát thống nhất, cùng một khoản thu có thể xuất hiện trên nhiều hệ thống nhưng lại không được ghi nhận đầy đủ trên sổ kế toán.
Ví dụ, bộ phận tiếp nhận ghi nhận người bệnh đã thanh toán 1.500.000 đồng, nhưng thu ngân chỉ lập hóa đơn 800.000 đồng cho tiền khám và kỹ thuật. Phần còn lại được ghi chung là “thuốc và vật tư” nhưng không có phiếu xuất kho, đơn thuốc hoặc bảng kê chi tiết. Khi kiểm tra, phòng khám sẽ khó chứng minh phần tiền còn lại thuộc khoản thu nào và đã được kê khai ra sao.
Đặc thù thứ hai là doanh thu của phòng khám gắn chặt với dữ liệu chuyên môn. Số lượt khám, hồ sơ bệnh án, đơn thuốc, chỉ định kỹ thuật, kết quả xét nghiệm và lịch làm việc của bác sĩ đều có thể trở thành nguồn dữ liệu để đối chiếu với hóa đơn.
Nếu một bác sĩ thực hiện 30 lượt khám trong ngày nhưng phần mềm kế toán chỉ ghi nhận 12 lượt, phòng khám phải giải thích được những lượt còn lại là khám miễn phí, tái khám không thu tiền, khám thuộc gói đã thanh toán trước hay chưa được ghi nhận doanh thu.
Đặc thù thứ ba là cơ cấu chi phí lớn và đa dạng. Phòng khám thường phát sinh chi phí về:
Tiền lương và tiền công bác sĩ;
Chi phí thuê người phụ trách chuyên môn;
Chi phí thuê mặt bằng;
Máy móc và thiết bị y tế;
Khấu hao tài sản;
Thuốc, hóa chất và vật tư;
Bảo trì, kiểm định và hiệu chuẩn thiết bị;
Xử lý chất thải y tế;
Điện, nước và phần mềm quản lý;
Quảng cáo và chăm sóc khách hàng;
Thuê đơn vị xét nghiệm hoặc chẩn đoán bên ngoài;
Chi phí đào tạo, bảo hiểm và quản lý chất lượng.
Không phải khoản chi nào đã thanh toán cũng tự động được tính là chi phí hợp pháp khi xác định nghĩa vụ thuế. Phòng khám cần có hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, biên bản nghiệm thu, bảng lương, hồ sơ nhân sự hoặc tài liệu liên quan tùy từng giao dịch.
Đặc thù thứ tư là phòng khám có thể đồng thời phát sinh hoạt động thuộc nhiều nhóm thuế khác nhau. Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024, có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, xác định nhiều dịch vụ y tế như khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh, xét nghiệm, chiếu, chụp và phục hồi chức năng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp trong gói dịch vụ chữa bệnh hợp pháp có bao gồm thuốc thì khoản tiền thuốc nằm trong gói cũng có thể thuộc đối tượng không chịu thuế. Tuy nhiên, các hoạt động bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ khác ngoài phạm vi dịch vụ y tế phải được phân loại riêng để xác định chính sách thuế tương ứng.
Vì vậy, phòng khám không nên mặc định toàn bộ doanh thu phát sinh tại cơ sở đều là “doanh thu khám chữa bệnh không chịu thuế”. Doanh thu bán thuốc độc lập, mỹ phẩm, sản phẩm chăm sóc sức khỏe, cho thuê mặt bằng, đào tạo hoặc các hoạt động phụ trợ khác phải được nhận diện riêng theo bản chất thực tế.
Phòng khám hoạt động dưới hình thức doanh nghiệp và phòng khám hoạt động theo mô hình hộ kinh doanh cũng có chế độ kế toán, phương pháp xác định thuế và nghĩa vụ báo cáo khác nhau. Trước khi xây dựng hệ thống sổ sách, cơ sở phải xác định rõ chủ thể đứng tên giấy phép, chủ thể thu tiền, chủ thể phát hành hóa đơn và chủ thể ký hợp đồng với người lao động.
Mối liên hệ giữa hóa đơn, doanh thu và nghĩa vụ thuế
Hóa đơn là tài liệu ghi nhận giao dịch bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ. Tuy nhiên, hóa đơn không tồn tại độc lập mà phải thống nhất với hồ sơ chuyên môn, chứng từ thanh toán và sổ kế toán của phòng khám.
Có thể hình dung mối liên hệ này theo chuỗi:
Người bệnh sử dụng dịch vụ → phòng khám xác định khoản phải thu → người bệnh thanh toán → phòng khám lập hóa đơn → kế toán ghi nhận doanh thu → doanh thu được đưa vào hồ sơ khai thuế và báo cáo tài chính.
Nếu một mắt xích bị bỏ qua, toàn bộ chuỗi dữ liệu có thể mất tính thống nhất.
Ví dụ:
Có phiếu thu nhưng không có hóa đơn;
Có hóa đơn nhưng không ghi nhận doanh thu;
Có doanh thu nhưng không có hồ sơ chứng minh dịch vụ;
Có dịch vụ nhưng tiền chuyển vào tài khoản cá nhân;
Có phiếu chỉ định kỹ thuật nhưng không có dữ liệu thanh toán;
Có đơn thuốc nhưng không có phiếu xuất kho;
Có tiền BHYT được thanh toán nhưng chưa ghi nhận công nợ và doanh thu phù hợp;
Có khoản người bệnh tự trả nhưng hạch toán chung với phần quỹ BHYT thanh toán.
Từ ngày 1/6/2025, Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi quy định về hóa đơn, chứng từ và tiếp tục tăng cường việc sử dụng dữ liệu hóa đơn điện tử trong quản lý thuế. Thông tư 32/2025/TT-BTC hiện là văn bản hướng dẫn thực hiện các quy định về hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP đã được sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
Phòng khám cần chú ý một số nguyên tắc quản lý:
Thứ nhất, có cung cấp dịch vụ thì phải xác định nghĩa vụ lập hóa đơn.
Việc người bệnh không yêu cầu lấy hóa đơn không đồng nghĩa phòng khám được bỏ qua doanh thu. Cơ sở phải lập hóa đơn theo quy định đối với hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ và quản lý dữ liệu hóa đơn phù hợp với hình thức hoạt động của mình.
Thứ hai, doanh thu không chỉ được xác định theo số tiền còn lại trong tài khoản.
Doanh thu phải phản ánh tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mà phòng khám cung cấp. Việc phòng khám đã dùng một phần tiền để trả bác sĩ, mua vật tư hoặc chi quảng cáo không làm giảm trực tiếp doanh thu. Các khoản này được xem xét ở phần chi phí nếu đáp ứng điều kiện.
Thứ ba, hình thức thanh toán không làm thay đổi nghĩa vụ ghi nhận.
Tiền mặt, chuyển khoản, QR, thanh toán qua thẻ hay chuyển vào tài khoản của người đại diện đều cần được tổng hợp, đối chiếu và ghi nhận. Việc dùng tài khoản cá nhân để nhận tiền khám làm tăng rủi ro vì dòng tiền kinh doanh bị trộn với giao dịch cá nhân.
Thứ tư, dịch vụ không chịu thuế GTGT vẫn phải được quản lý hóa đơn và doanh thu.
“Không chịu thuế GTGT” không có nghĩa là không cần lập hóa đơn, không cần ghi sổ hoặc không phải kê khai theo chế độ áp dụng. Phòng khám vẫn phải phản ánh doanh thu và thực hiện nghĩa vụ về thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân, hóa đơn, kế toán và các nghĩa vụ khác tùy mô hình.
Thứ năm, doanh thu phải được tách theo từng bản chất hoạt động.
Phòng khám nên xây dựng tối thiểu các nhóm:
| Nhóm doanh thu | Nội dung cần theo dõi |
|---|---|
| Tiền khám | Lượt khám, bác sĩ, chuyên khoa, mức giá |
| Dịch vụ kỹ thuật | Chỉ định, người thực hiện, kết quả, danh mục kỹ thuật |
| Xét nghiệm | Thực hiện nội bộ hay thuê ngoài, giá thu, giá phải trả |
| Thuốc | Sử dụng tại chỗ, nằm trong gói hay bán riêng |
| Vật tư y tế | Đã nằm trong giá kỹ thuật hay thu ngoài |
| Khám sức khỏe | Cá nhân thanh toán hay doanh nghiệp ký hợp đồng |
| BHYT | Phần quỹ thanh toán, cùng chi trả và ngoài phạm vi hưởng |
| Dịch vụ khác | Mỹ phẩm, sản phẩm, đào tạo hoặc dịch vụ phụ trợ |
Việc tách đúng nhóm doanh thu giúp kế toán áp dụng đúng chính sách thuế, lập hóa đơn rõ ràng và kiểm tra được hiệu quả của từng dịch vụ.
Những rủi ro khi quản lý doanh thu không chặt chẽ
Rủi ro dễ thấy nhất là doanh thu trên hóa đơn thấp hơn doanh thu thực tế. Chênh lệch có thể xuất hiện khi thu ngân bỏ sót hóa đơn, nhân viên nhận tiền ngoài hệ thống hoặc phòng khám chỉ xuất hóa đơn khi người bệnh yêu cầu.
Cơ quan quản lý có thể đối chiếu doanh thu với nhiều nguồn dữ liệu khác nhau như:
Số lượt tiếp nhận người bệnh;
Hồ sơ khám bệnh;
Đơn thuốc;
Phiếu chỉ định kỹ thuật;
Dữ liệu xét nghiệm;
Lịch làm việc của bác sĩ;
Số lượng thuốc và vật tư đã xuất;
Sao kê ngân hàng;
Dữ liệu thanh toán QR và máy POS;
Hợp đồng khám sức khỏe doanh nghiệp;
Dữ liệu hóa đơn điện tử;
Chi phí quảng cáo và số lượng khách hàng;
Hồ sơ thanh toán BHYT.
Khi các dữ liệu không thống nhất, phòng khám có thể bị yêu cầu giải trình, điều chỉnh hồ sơ khai thuế hoặc xuất trình thêm chứng từ.
Một số rủi ro thường gặp gồm:
Không lập hóa đơn hoặc lập hóa đơn thiếu doanh thu
Phòng khám thu đủ tiền nhưng chỉ xuất hóa đơn một phần hoặc ghi giá trị thấp hơn số tiền thực nhận. Đây là dấu hiệu trực tiếp làm phát sinh rủi ro về hóa đơn và thuế.
Ghi sai bản chất khoản thu
Tiền khám được ghi thành tiền tư vấn; tiền thuốc được ghi thành vật tư; tiền thủ thuật được ghi thành gói chăm sóc; tiền bán sản phẩm được ghi chung vào dịch vụ y tế. Việc thay đổi tên gọi không làm thay đổi bản chất giao dịch.
Thu tiền qua tài khoản cá nhân
Người bệnh chuyển tiền vào tài khoản của chủ phòng khám, bác sĩ hoặc nhân viên. Nếu không có quy trình đối soát, phòng khám dễ bỏ sót doanh thu và khó phân biệt giao dịch cá nhân với giao dịch kinh doanh.
Không đối chiếu giữa thu ngân và kế toán
Thu ngân theo dõi trên một phần mềm, kế toán theo dõi bằng bảng tính, còn bộ phận chuyên môn dùng hệ thống khác. Nếu không khóa dữ liệu và đối soát cuối ngày, nhân viên có thể sửa hoặc xóa dịch vụ sau khi đã thu tiền.
Thu chung nhiều khoản nhưng không có bảng kê
Một phiếu thu chỉ ghi “gói điều trị 5.000.000 đồng” mà không thể hiện tiền khám, kỹ thuật, thuốc và vật tư. Cách ghi này khiến phòng khám khó xác định chính sách thuế, doanh thu từng dịch vụ và chi phí tương ứng.
Ghi nhận sai thời điểm
Phòng khám đã hoàn thành dịch vụ nhưng trì hoãn lập hóa đơn sang kỳ sau để giảm doanh thu trong tháng hoặc quý. Việc ghi nhận không đúng thời điểm làm sai hồ sơ thuế và báo cáo tài chính.
Chi phí không có hồ sơ
Phòng khám chi tiền thuê bác sĩ, trả hoa hồng, mua vật tư hoặc thuê máy móc nhưng không có hợp đồng, hóa đơn và chứng từ phù hợp. Hậu quả là chi phí thực tế đã phát sinh nhưng có nguy cơ không được chấp nhận khi xác định nghĩa vụ thuế.
Không quản lý kho thuốc và vật tư
Lượng thuốc xuất kho lớn nhưng doanh thu thuốc thấp; hoặc số ca thủ thuật nhiều nhưng lượng vật tư sử dụng không tương ứng. Đây là chênh lệch dễ bị phát hiện khi kiểm tra.
Ghi nhận trùng hoặc bỏ sót doanh thu BHYT
Phòng khám ghi nhận doanh thu khi gửi hồ sơ đề nghị thanh toán nhưng tiếp tục ghi nhận lần nữa khi nhận tiền; hoặc chỉ ghi nhận khi nhận tiền mà không theo dõi phần bị xuất toán và công nợ. Điều này làm sai báo cáo tài chính và kết quả kinh doanh.
Luật Quản lý thuế cho phép cơ quan thuế áp dụng biện pháp ấn định trong những trường hợp người nộp thuế không cung cấp đầy đủ, trung thực, chính xác căn cứ tính thuế hoặc không xuất trình tài liệu kế toán, hóa đơn và chứng từ phục vụ kiểm tra. Vì vậy, thiếu hồ sơ không chỉ gây khó khăn khi giải trình mà còn có thể khiến phòng khám mất quyền chủ động trong việc chứng minh doanh thu và chi phí thực tế.
Vì sao phòng khám là đối tượng thường được kiểm tra về thuế?
Không có nghĩa mọi phòng khám đều mặc nhiên bị xếp vào nhóm vi phạm hoặc đều phải thanh tra thường xuyên. Tuy nhiên, hoạt động phòng khám có nhiều yếu tố dễ phát sinh chênh lệch dữ liệu nên cơ sở có thể được cơ quan thuế chú ý khi xuất hiện dấu hiệu rủi ro.
Yếu tố thứ nhất là giao dịch trực tiếp với số lượng lớn cá nhân. Nhiều người bệnh không yêu cầu hóa đơn hoặc không cung cấp đầy đủ thông tin. Nếu cơ sở không có hệ thống tự động lập và quản lý hóa đơn, doanh thu rất dễ bị bỏ sót.
Yếu tố thứ hai là tỷ lệ thanh toán không dùng tiền mặt ngày càng cao. Dữ liệu chuyển khoản, mã QR và máy POS có thể được đối chiếu với hóa đơn. Tài khoản nhận nhiều khoản tiền có nội dung “khám bệnh”, “đặt cọc”, “tiền thuốc” nhưng doanh thu kê khai thấp sẽ tạo ra chênh lệch cần giải trình.
Yếu tố thứ ba là một cơ sở có nhiều nguồn thu. Phòng khám có thể vừa khám chữa bệnh, vừa bán thuốc, bán sản phẩm, cho thuê phòng, thực hiện xét nghiệm, khám sức khỏe doanh nghiệp hoặc liên kết với đơn vị khác. Nếu tất cả được ghi chung dưới một tên gọi, nguy cơ áp dụng sai chính sách thuế rất cao.
Yếu tố thứ tư là doanh thu có thể đối chiếu với dữ liệu chuyên môn. Số người bệnh, số đơn thuốc, số ca thủ thuật và số lần sử dụng thiết bị tạo ra một “dấu vết vận hành” tương đối rõ. Cơ sở khó giải thích doanh thu thấp nếu hoạt động chuyên môn và lượng vật tư sử dụng ở mức cao.
Yếu tố thứ năm là chi phí nhân sự đặc thù. Bác sĩ có thể làm việc toàn thời gian, bán thời gian, theo ca hoặc nhận tỷ lệ phần trăm doanh thu. Nếu phòng khám không ký hợp đồng phù hợp, không theo dõi thu nhập và không thực hiện nghĩa vụ khấu trừ, kê khai thuế cá nhân thì rủi ro có thể phát sinh cho cả phòng khám và người hành nghề.
Yếu tố thứ sáu là chi phí thiết bị và vật tư có giá trị lớn. Máy móc có thể được mua, thuê, mượn hoặc hợp tác khai thác. Nếu hồ sơ sở hữu, hóa đơn đầu vào, hợp đồng thuê và phương pháp phân bổ chi phí không rõ ràng, khoản chi dễ bị yêu cầu giải trình.
Yếu tố thứ bảy là hoạt động quảng cáo thể hiện quy mô kinh doanh. Một phòng khám quảng cáo liên tục, công bố nhiều dịch vụ và có lượng khách hàng lớn nhưng doanh thu kê khai rất thấp có thể tạo ra chỉ dấu không tương xứng giữa hoạt động thực tế và số liệu thuế.
Yếu tố thứ tám là sự liên thông ngày càng cao giữa các nguồn dữ liệu điện tử. Từ ngày 1/6/2025, quy định mới về hóa đơn điện tử được áp dụng theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP; dữ liệu hóa đơn trở thành một nguồn quan trọng để cơ quan thuế phân tích và đối chiếu hoạt động kinh doanh.
Để giảm rủi ro, phòng khám nên thiết lập quy trình đối soát hằng ngày theo nguyên tắc:
Số lượt khám = số hồ sơ chuyên môn = số khoản thu hoặc lý do không thu = số hóa đơn được lập.
Cuối mỗi ngày, cơ sở nên đối chiếu tối thiểu:
Số người bệnh tiếp nhận;
Số lượt đã hoàn thành;
Số lượt hủy hoặc miễn phí;
Tổng tiền mặt;
Tổng tiền chuyển khoản;
Tổng thanh toán thẻ hoặc QR;
Tổng hóa đơn đã lập;
Số thuốc và vật tư xuất kho;
Khoản đặt cọc chưa hoàn thành dịch vụ;
Khoản công nợ của doanh nghiệp và BHYT;
Các trường hợp hoàn tiền hoặc điều chỉnh.
Cuối tháng, kế toán tiếp tục đối chiếu giữa doanh thu, hóa đơn, sao kê ngân hàng, công nợ, kho thuốc, bảng lương và hồ sơ chuyên môn. Chênh lệch phải được xác định nguyên nhân và xử lý ngay, thay vì chờ đến cuối năm mới điều chỉnh.
“Bản đồ hóa đơn” – Phòng khám tư nhân phải sử dụng loại hóa đơn nào?
Phòng khám tư nhân phát sinh doanh thu từ khám bệnh, xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh, thủ thuật, điều trị, khám sức khỏe hoặc các dịch vụ liên quan phải lập hóa đơn theo quy định. Việc người bệnh là cá nhân, không yêu cầu nhận hóa đơn hoặc chỉ thanh toán bằng tiền mặt không làm mất nghĩa vụ ghi nhận doanh thu và lập hóa đơn của phòng khám.
Từ ngày 01/6/2025, quy định về hóa đơn điện tử được thực hiện theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP đã được sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư 32/2025/TT-BTC. Nghị định 70/2025/NĐ-CP bổ sung quy định riêng về thời điểm lập hóa đơn đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh sử dụng phần mềm quản lý khám chữa bệnh và viện phí.
Hóa đơn điện tử áp dụng cho phòng khám
Phòng khám hoạt động dưới hình thức doanh nghiệp, tổ chức hoặc hộ kinh doanh phải đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử phù hợp với phương pháp tính thuế và mô hình hoạt động của mình.
Loại hóa đơn không được xác định chỉ dựa vào việc dịch vụ khám chữa bệnh có chịu thuế giá trị gia tăng hay không. Phòng khám cần căn cứ vào phương pháp tính thuế đang áp dụng:
Phòng khám là doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng điện tử.
Phòng khám hoặc chủ thể kinh doanh áp dụng phương pháp tính trực tiếp sử dụng hóa đơn bán hàng điện tử.
Trường hợp thuộc đối tượng và đáp ứng điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền, cơ sở có thể đăng ký hình thức này theo quy định của cơ quan thuế.
Luật Thuế giá trị gia tăng quy định cơ sở áp dụng phương pháp khấu trừ sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng; cơ sở áp dụng phương pháp trực tiếp sử dụng hóa đơn bán hàng. Vì vậy, doanh nghiệp phòng khám vẫn có thể sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng dù phần doanh thu khám chữa bệnh thuộc đối tượng không chịu thuế.
Dịch vụ y tế thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng, bao gồm khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh, phục hồi chức năng, xét nghiệm, chiếu, chụp và một số dịch vụ y tế khác. Thuốc nằm trong gói dịch vụ chữa bệnh theo quy định cũng thuộc đối tượng không chịu thuế; nhưng thuốc bán riêng, thiết bị y tế hoặc hàng hóa khác phải được xác định chính sách thuế theo từng mặt hàng.
Khi lập hóa đơn cho dịch vụ khám chữa bệnh không chịu thuế, phòng khám phải chọn đúng trạng thái “không chịu thuế GTGT”, không ghi nhầm mức thuế suất 0%. Hai khái niệm này có bản chất và cách kê khai khác nhau:
Không chịu thuế: dịch vụ thuộc danh mục không chịu thuế theo luật.
Thuế suất 0%: hàng hóa, dịch vụ chịu thuế nhưng được áp dụng mức thuế suất 0% khi đáp ứng điều kiện.
Nếu phòng khám có thêm nhà thuốc, bán mỹ phẩm, thực phẩm, thiết bị y tế hoặc thực hiện hoạt động khác, kế toán phải phân loại riêng từng khoản doanh thu để áp dụng đúng hóa đơn và chính sách thuế. Cơ sở kinh doanh nhiều loại hàng hóa, dịch vụ có chế độ thuế khác nhau phải hạch toán, kê khai theo từng nhóm tương ứng.
Khi nào phải xuất hóa đơn cho người bệnh?
Nguyên tắc chung đối với cung cấp dịch vụ là thời điểm lập hóa đơn khi hoàn thành việc cung cấp dịch vụ, không phụ thuộc đã thu được tiền hay chưa. Nếu phòng khám thu tiền trước hoặc trong quá trình cung cấp dịch vụ thì thời điểm lập hóa đơn là thời điểm thu tiền, trừ một số khoản đặt cọc hoặc tạm ứng thuộc các loại dịch vụ được pháp luật loại trừ; dịch vụ khám chữa bệnh không nằm trong danh sách loại trừ này.
Đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh sử dụng phần mềm quản lý khám chữa bệnh và quản lý viện phí, Nghị định 70/2025/NĐ-CP cho phép áp dụng cơ chế đặc thù:
Mỗi lần khám, xét nghiệm, chiếu, chụp hoặc thực hiện dịch vụ, cơ sở in phiếu thu tiền hoặc lưu thông tin thanh toán trên hệ thống.
Nếu người bệnh yêu cầu hóa đơn, phòng khám lập hóa đơn điện tử giao cho người bệnh.
Nếu người bệnh không yêu cầu hóa đơn, cuối ngày phòng khám căn cứ thông tin khám chữa bệnh và phiếu thu để tổng hợp lập hóa đơn điện tử đối với các dịch vụ y tế đã thực hiện trong ngày.
Như vậy, phòng khám không được chờ đến cuối tháng mới xuất một hóa đơn tổng hợp cho toàn bộ khách lẻ nếu đang thuộc trường hợp phải tổng hợp theo ngày.
Phòng khám nên thiết lập thời điểm lập hóa đơn theo từng tình huống:
Người bệnh khám và thanh toán ngay: Lập hóa đơn khi hoàn thành dịch vụ hoặc khi thu tiền; nếu áp dụng cơ chế đặc thù và người bệnh không yêu cầu nhận hóa đơn thì tổng hợp lập cuối ngày.
Người bệnh thanh toán trước một gói điều trị: Lập hóa đơn theo khoản tiền đã thu tại thời điểm thu tiền. Không nên đợi đến khi kết thúc toàn bộ liệu trình mới lập hóa đơn cho khoản tiền đã nhận.
Người bệnh thanh toán từng lần trong liệu trình: Lập hóa đơn theo từng khoản thu hoặc từng phần dịch vụ đã hoàn thành, phù hợp với hợp đồng và hồ sơ điều trị.
Người bệnh được hoàn tiền: Kế toán phải thực hiện xử lý hóa đơn đã lập theo quy định về điều chỉnh hoặc thay thế, không tự xóa dữ liệu doanh thu trên phần mềm.
Khám chữa bệnh BHYT: Cơ sở lập hóa đơn cho cơ quan bảo hiểm xã hội tại thời điểm được cơ quan bảo hiểm xã hội thanh toán, quyết toán chi phí khám chữa bệnh cho người có thẻ BHYT.
Trường hợp người bệnh không yêu cầu hóa đơn
“Người bệnh không lấy hóa đơn” không đồng nghĩa với việc phòng khám không phải lập hóa đơn.
Đối với phòng khám có sử dụng phần mềm quản lý khám chữa bệnh, quản lý viện phí và từng giao dịch có phiếu thu hoặc được lưu trên hệ thống, cuối ngày cơ sở phải tổng hợp thông tin để lập hóa đơn điện tử cho các dịch vụ phát sinh trong ngày mà người bệnh không yêu cầu nhận hóa đơn riêng.
Quy trình nội bộ nên được tổ chức như sau:
Bộ phận tiếp nhận tạo mã người bệnh và lượt khám.
Bộ phận chuyên môn nhập đầy đủ dịch vụ đã thực hiện.
Thu ngân lập phiếu thu hoặc ghi nhận khoản thanh toán trên hệ thống.
Trường hợp người bệnh yêu cầu hóa đơn, thu ngân lấy thông tin và lập hóa đơn riêng.
Trường hợp người bệnh không yêu cầu, giao dịch được đánh dấu để đưa vào hóa đơn tổng hợp cuối ngày.
Cuối ngày, kế toán đối chiếu doanh thu trên phần mềm khám bệnh, phiếu thu, máy POS, tài khoản ngân hàng và hóa đơn điện tử.
Mọi chênh lệch phải được xác minh trước khi khóa dữ liệu ngày.
Sai sót thường gặp là phòng khám chỉ ghi nhận các khoản thanh toán mà người bệnh yêu cầu hóa đơn, còn các khoản thu tiền mặt khác chỉ lưu trên phiếu thu nội bộ. Cách thực hiện này dẫn đến chênh lệch giữa số lượt khám, số dịch vụ đã thực hiện, dòng tiền thực nhận và doanh thu kê khai.
Trường hợp lập hóa đơn tổng hợp cuối ngày, phòng khám vẫn phải lưu được dữ liệu chi tiết của từng lượt khám, từng phiếu thu và từng dịch vụ để giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra. Hóa đơn tổng hợp không thay thế hệ thống dữ liệu chi tiết bên trong của cơ sở.
Xuất hóa đơn cho doanh nghiệp khám sức khỏe định kỳ
Khi doanh nghiệp ký hợp đồng với phòng khám để khám sức khỏe định kỳ cho người lao động, người mua dịch vụ và người nhận hóa đơn thông thường là doanh nghiệp ký hợp đồng, không phải từng người lao động.
Bộ hồ sơ kế toán nên bao gồm:
Hợp đồng khám sức khỏe;
Danh sách người lao động dự kiến khám;
Báo giá hoặc phụ lục đơn giá;
Biên bản xác nhận số lượng người đã khám;
Biên bản nghiệm thu hoặc xác nhận hoàn thành dịch vụ;
Bảng đối chiếu chi phí phát sinh;
Chứng từ thanh toán;
Hóa đơn điện tử;
Hồ sơ điều chỉnh nếu số người khám thực tế khác số lượng trong hợp đồng.
Thời điểm lập hóa đơn được xác định căn cứ vào thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ hoặc thời điểm thu tiền nếu phòng khám thu tiền trước hoặc trong quá trình thực hiện. Không nên căn cứ riêng vào ngày doanh nghiệp chuyển khoản nếu dịch vụ đã hoàn thành và nghĩa vụ lập hóa đơn đã phát sinh trước đó.
Trên hóa đơn phải ghi đúng tên, địa chỉ và mã số thuế của doanh nghiệp theo thông tin đăng ký thuế. Nếu doanh nghiệp cung cấp sai tên hoặc mã số thuế, phòng khám cần yêu cầu xác nhận lại trước khi phát hành hóa đơn. Quy định hiện hành yêu cầu thông tin người mua là cơ sở kinh doanh phải phù hợp với giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hoạt động hoặc đăng ký thuế.
Nội dung dịch vụ trên hóa đơn có thể ghi:
“Dịch vụ khám sức khỏe định kỳ cho người lao động theo Hợp đồng số… ngày…”
Hoặc:
“Dịch vụ khám sức khỏe cho 150 người lao động theo biên bản nghiệm thu ngày…”
Không nên ghi chung chung “dịch vụ y tế” nếu hồ sơ hợp đồng đã xác định rõ là khám sức khỏe định kỳ. Số lượng, đơn giá và thành tiền phải thống nhất với biên bản nghiệm thu hoặc phụ lục quyết toán.
Trường hợp doanh nghiệp ứng trước một phần, phòng khám phải kiểm tra thời điểm thu tiền để lập hóa đơn cho khoản đã thu. Khi hoàn thành dịch vụ, cơ sở lập hóa đơn đối với phần giá trị còn lại hoặc xử lý theo giá trị thực tế đã nghiệm thu.
Những thông tin bắt buộc trên hóa đơn
Một hóa đơn điện tử của phòng khám cần thể hiện các nhóm thông tin cơ bản sau:
Thông tin người bán
Tên pháp lý của doanh nghiệp, hộ kinh doanh hoặc tổ chức sở hữu phòng khám;
Địa chỉ;
Mã số thuế;
Tên phòng khám hoặc địa điểm kinh doanh nếu cần thể hiện để nhận diện nơi cung cấp dịch vụ.
Tên thương mại của phòng khám không được sử dụng để thay thế hoàn toàn tên pháp lý của người bán nếu hai tên không giống nhau.
Thông tin hóa đơn
Tên loại hóa đơn;
Ký hiệu mẫu số;
Ký hiệu hóa đơn;
Số hóa đơn;
Ngày lập hóa đơn;
Mã của cơ quan thuế nếu thuộc loại hóa đơn có mã;
Chữ ký số của người bán theo trường hợp áp dụng.
Thông tin người mua
Đối với doanh nghiệp hoặc tổ chức, hóa đơn cần ghi đúng tên, địa chỉ và mã số thuế. Đối với người bệnh là cá nhân không có mã số thuế thì không bắt buộc phải ghi mã số thuế; khi người bệnh cung cấp số định danh cá nhân để ghi nhận trên hóa đơn, phòng khám phải ghi đúng thông tin được cung cấp.
Thông tin dịch vụ
Tên dịch vụ khám chữa bệnh;
Số lượng;
Đơn vị tính nếu phù hợp;
Đơn giá;
Thành tiền;
Khoản giảm giá hoặc chiết khấu nếu có;
Tổng số tiền thanh toán;
Chính sách thuế áp dụng.
Đối với dịch vụ khám chữa bệnh thuộc đối tượng không chịu thuế, hóa đơn phải thể hiện đúng trạng thái không chịu thuế. Nếu cùng hóa đơn có thuốc, mỹ phẩm, thiết bị hoặc hàng hóa chịu thuế thì từng dòng phải được phân loại theo đúng chính sách thuế tương ứng.
Phòng khám không nên ghi tên bệnh hoặc thông tin chẩn đoán quá chi tiết trên hóa đơn nếu không cần thiết. Hóa đơn phục vụ mục đích tài chính, kế toán; còn thông tin chuyên môn được quản lý trong hồ sơ bệnh án và phải tuân thủ quy định bảo mật thông tin người bệnh.
Box tổng hợp
● Loại hóa đơn
Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng điện tử. Chủ thể áp dụng phương pháp trực tiếp sử dụng hóa đơn bán hàng điện tử. Dịch vụ khám chữa bệnh được ghi là không chịu thuế GTGT; không ghi thành thuế suất 0%.
● Thời điểm lập
Lập khi hoàn thành dịch vụ hoặc khi thu tiền trước, thu tiền trong quá trình cung cấp dịch vụ. Người bệnh không yêu cầu nhận hóa đơn thì phòng khám đáp ứng điều kiện về phần mềm và phiếu thu thực hiện tổng hợp lập hóa đơn cuối ngày.
● Đối tượng nhận
Người bệnh nhận hóa đơn khi có yêu cầu. Doanh nghiệp ký hợp đồng khám sức khỏe là người mua và nhận hóa đơn. Cơ quan bảo hiểm xã hội nhận hóa đơn theo thời điểm thanh toán, quyết toán chi phí BHYT.
● Sai sót thường gặp
Không lập hóa đơn khi người bệnh không yêu cầu; xuất hóa đơn sai ngày; ghi dịch vụ khám chữa bệnh là thuế suất 0%; ghi sai tên hoặc mã số thuế của doanh nghiệp; không tách doanh thu thuốc và dịch vụ; hóa đơn không khớp phiếu thu; tổng hợp hóa đơn theo tháng thay vì cuối ngày; dùng tên phòng khám thay cho tên pháp lý của người bán; xóa giao dịch trên phần mềm nhưng không xử lý hóa đơn đã phát hành.
“Sổ sách vận hành” – Hệ thống kế toán của phòng khám cần quản lý những gì?
Hệ thống kế toán của phòng khám không chỉ phục vụ việc kê khai thuế. Dữ liệu kế toán còn phải giúp người quản lý kiểm soát doanh thu theo từng dịch vụ, chi phí theo từng bộ phận, thuốc và vật tư theo từng lượt sử dụng, công nợ, dòng tiền, tài sản và hiệu quả hoạt động.
Luật Kế toán yêu cầu mọi nghiệp vụ kinh tế, tài chính phải được phản ánh đầy đủ, kịp thời, rõ ràng, chính xác, trung thực và có khả năng kiểm tra, đối chiếu. Sổ chi tiết phải khớp với số liệu kế toán tổng hợp trong cùng kỳ.
Quản lý doanh thu khám chữa bệnh
Doanh thu của phòng khám cần được phân loại theo đúng nguồn phát sinh, không nên gộp toàn bộ vào một tài khoản hoặc một nội dung “doanh thu dịch vụ”.
Các nhóm doanh thu thường gồm:
Tiền khám bệnh;
Tiền xét nghiệm;
Tiền chẩn đoán hình ảnh;
Tiền thủ thuật, tiểu phẫu;
Tiền vật lý trị liệu, phục hồi chức năng;
Tiền khám sức khỏe doanh nghiệp;
Tiền dịch vụ khám tại nhà;
Doanh thu BHYT;
Tiền thuốc nằm trong gói điều trị;
Doanh thu bán thuốc riêng;
Doanh thu bán thiết bị, mỹ phẩm hoặc sản phẩm khác;
Khoản thu hộ, chi hộ nếu có;
Khoản hoàn trả, giảm giá hoặc miễn giảm cho người bệnh.
Việc phân loại giúp phòng khám xác định đúng doanh thu không chịu thuế, doanh thu chịu thuế, doanh thu của nhà thuốc và doanh thu của hoạt động khác. Luật Thuế giá trị gia tăng yêu cầu cơ sở có nhiều loại hàng hóa, dịch vụ với chính sách thuế khác nhau phải xác định riêng từng nhóm; nếu không xác định được có thể phát sinh rủi ro áp dụng mức thuế cao nhất đối với phần không phân loại được.
Mỗi khoản doanh thu cần đối chiếu tối thiểu giữa:
Dữ liệu lượt khám;
Chỉ định chuyên môn;
Dịch vụ đã hoàn thành;
Phiếu thu;
Hóa đơn điện tử;
Tiền mặt thực thu;
Dữ liệu máy POS;
Sao kê ngân hàng;
Công nợ còn phải thu.
Ví dụ, hệ thống ghi nhận 100 lượt xét nghiệm nhưng chỉ có 82 phiếu thu thì kế toán phải kiểm tra 18 lượt còn lại thuộc trường hợp miễn phí, công nợ, BHYT, thu theo hợp đồng doanh nghiệp hay đã bỏ sót doanh thu.
Phòng khám nên lập báo cáo doanh thu hằng ngày theo bác sĩ, chuyên khoa, dịch vụ, ca làm việc và phương thức thanh toán. Báo cáo quản trị này giúp phát hiện sớm tình trạng nhân viên thu tiền nhưng chưa nhập hệ thống, ghi nhầm dịch vụ hoặc tự ý giảm giá.
Quản lý chi phí hoạt động
Chi phí của phòng khám cần có hóa đơn, chứng từ và phải được phân loại theo bản chất. Các nhóm chi phí thường xuyên gồm:
Tiền lương, phụ cấp và bảo hiểm của nhân viên;
Tiền công bác sĩ cộng tác;
Tiền thuê mặt bằng;
Điện, nước, internet và phần mềm;
Thuốc, hóa chất, vật tư tiêu hao;
Xử lý chất thải y tế;
Giặt là, tiệt khuẩn và vệ sinh;
Bảo trì, kiểm định và hiệu chuẩn thiết bị;
Chi phí quảng cáo;
Chi phí cấp phép và đào tạo chuyên môn;
Chi phí bảo hiểm trách nhiệm nghề nghiệp;
Khấu hao tài sản cố định;
Lãi vay;
Chi phí quản lý doanh nghiệp;
Chi phí thuê xét nghiệm hoặc cận lâm sàng bên ngoài.
Mỗi khoản chi phải được kiểm tra theo ba yếu tố: có phát sinh thực tế, phục vụ hoạt động của phòng khám và có hồ sơ chứng minh hợp lệ.
Ví dụ, chi phí trả cho bác sĩ cộng tác cần có hợp đồng, bảng xác nhận thời gian hoặc khối lượng công việc, chứng từ thanh toán và hồ sơ thuế thu nhập cá nhân. Tiền mua thiết bị cần có hợp đồng, hóa đơn, biên bản bàn giao và hồ sơ đưa tài sản vào sử dụng.
Đối với khoản mua vào phục vụ hoạt động khám chữa bệnh không chịu thuế GTGT, thuế GTGT đầu vào thường không được khấu trừ mà được xử lý vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản theo quy định. Nếu phòng khám đồng thời có hoạt động chịu thuế và không chịu thuế thì phải hạch toán riêng phần thuế đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ.
Quản lý thuốc, vật tư và thiết bị y tế
Thuốc, vật tư và thiết bị y tế là nhóm tài sản có rủi ro thất thoát cao. Phòng khám cần quản lý đồng thời về số lượng, giá trị và thông tin chuyên môn.
Đối với thuốc và vật tư tiêu hao, hệ thống nên theo dõi:
Mã hàng;
Tên hàng;
Đơn vị tính;
Nhà cung cấp;
Số lô;
Hạn sử dụng;
Ngày nhập;
Số lượng nhập;
Số lượng xuất;
Khoa, phòng hoặc bác sĩ sử dụng;
Người bệnh hoặc dịch vụ sử dụng;
Hàng hỏng, hết hạn, thu hồi hoặc tiêu hủy;
Giá nhập và giá xuất kho;
Tồn kho thực tế.
Mỗi lần sử dụng vật tư cho người bệnh nên được liên kết với mã lượt khám hoặc phiếu thực hiện kỹ thuật. Nếu một ca thủ thuật sử dụng ba loại vật tư nhưng phần mềm chỉ ghi nhận một loại, số liệu kho và giá vốn dịch vụ sẽ không phản ánh đúng thực tế.
Đối với thuốc, cần phân biệt rõ:
Thuốc cấp cứu và thuốc sử dụng trong hoạt động chuyên môn;
Thuốc nằm trong gói điều trị;
Thuốc cấp miễn phí;
Thuốc bán lẻ qua nhà thuốc hợp pháp;
Thuốc hủy do hết hạn hoặc không bảo đảm chất lượng.
Không nên lấy thuốc từ nhà thuốc của doanh nghiệp đưa sang phòng khám mà không lập chứng từ xuất kho, điều chuyển hoặc ghi nhận sử dụng. Ngược lại, thuốc mua cho phòng khám không được đưa ra bán lẻ nếu cơ sở chưa đáp ứng điều kiện kinh doanh dược.
Đối với thiết bị y tế, kế toán cần quản lý nguyên giá, ngày đưa vào sử dụng, bộ phận sử dụng, thời gian khấu hao, lịch bảo trì, kiểm định, hiệu chuẩn, sửa chữa và tình trạng hoạt động. Chi phí nâng cấp làm tăng công suất hoặc thời gian sử dụng cần được phân biệt với chi phí sửa chữa thường xuyên.
Quản lý tiền mặt và tài khoản ngân hàng
Phòng khám thường phát sinh nhiều giao dịch giá trị nhỏ trong ngày nên phải kiểm soát chặt chẽ tiền mặt.
Cuối mỗi ca hoặc cuối ngày, thu ngân cần lập bảng đối chiếu:
Doanh thu theo phần mềm
= Tiền mặt thực thu
Thanh toán thẻ/POS
Chuyển khoản
Công nợ phát sinh
– Khoản hoàn tiền
– Khoản miễn, giảm có phê duyệt
Mọi khoản chênh lệch phải có biên bản hoặc giải trình. Không nên để nhân viên tự bù trừ chênh lệch giữa các ngày.
Phòng khám cần ban hành quy trình:
Ai được thu tiền;
Ai được mở két;
Ai được hoàn tiền;
Hạn mức tồn quỹ;
Thời gian nộp tiền vào ngân hàng;
Quy trình bàn giao giữa các ca;
Thẩm quyền miễn, giảm giá;
Cách xử lý giao dịch chuyển khoản chưa xác định được người bệnh;
Cách xử lý thanh toán trùng.
Tài khoản ngân hàng phục vụ hoạt động phòng khám nên đứng tên đúng chủ thể kinh doanh. Không nên sử dụng tài khoản cá nhân của chủ sở hữu hoặc nhân viên để thu tiền khám vì sẽ khó đối chiếu doanh thu, công nợ và nghĩa vụ thuế.
Mỗi tháng, kế toán cần đối chiếu sổ tiền gửi ngân hàng với sao kê, xác định phí ngân hàng, giao dịch treo, khoản khách hàng chuyển thừa và khoản đã thu nhưng chưa ghi nhận doanh thu.
Theo dõi công nợ với khách hàng và nhà cung cấp
Công nợ phải thu của phòng khám thường phát sinh từ:
Doanh nghiệp ký hợp đồng khám sức khỏe;
Cơ quan bảo hiểm xã hội;
Công ty bảo hiểm thương mại;
Đối tác giới thiệu người bệnh;
Người bệnh sử dụng gói điều trị trả theo kỳ;
Đơn vị đặt cọc nhưng chưa hoàn tất dịch vụ.
Mỗi khoản phải thu cần được theo dõi theo hợp đồng, hóa đơn, biên bản nghiệm thu, hạn thanh toán và tình trạng thu hồi.
Đối với hợp đồng khám sức khỏe, kế toán cần đối chiếu số người theo hợp đồng, số người thực tế đã khám, dịch vụ phát sinh thêm, giá trị nghiệm thu, số tiền ứng trước và số tiền còn phải thu. Không nên xuất hóa đơn theo toàn bộ giá trị hợp đồng nếu khối lượng thực tế chưa được xác định và điều kiện lập hóa đơn chưa phát sinh.
Công nợ phải trả thường gồm:
Nhà cung cấp thuốc, hóa chất và vật tư;
Đơn vị cho thuê thiết bị;
Phòng xét nghiệm hoặc cơ sở cận lâm sàng đối tác;
Bác sĩ cộng tác;
Đơn vị xử lý chất thải;
Đơn vị bảo trì, kiểm định;
Chủ cho thuê mặt bằng;
Nhà cung cấp phần mềm.
Trước khi thanh toán, kế toán phải đối chiếu hợp đồng, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, hóa đơn và công nợ. Việc nhà cung cấp gửi hóa đơn chưa đồng nghĩa phòng khám phải thanh toán nếu hàng hóa chưa được giao hoặc dịch vụ chưa hoàn thành.
Kế toán nên lập bảng tuổi nợ theo các nhóm: chưa đến hạn, quá hạn dưới 30 ngày, từ 30 đến 90 ngày và trên 90 ngày. Báo cáo này giúp phòng khám xử lý sớm các hợp đồng doanh nghiệp chậm thanh toán và tránh bỏ sót nghĩa vụ với nhà cung cấp.
Lưu trữ chứng từ kế toán
Phòng khám phải lưu trữ đầy đủ chứng từ kế toán, sổ kế toán, báo cáo tài chính và các tài liệu có liên quan. Chứng từ điện tử phải bảo đảm an toàn, bảo mật, tra cứu được và không bị thay đổi nội dung trong thời gian lưu trữ. Luật Kế toán yêu cầu chứng từ phải được lập đầy đủ, kịp thời, chính xác và mỗi nghiệp vụ kinh tế chỉ được lập chứng từ một lần.
Hồ sơ kế toán cần lưu gồm:
Hóa đơn đầu ra;
Hóa đơn đầu vào;
Phiếu thu, phiếu chi;
Phiếu nhập kho, xuất kho;
Sao kê ngân hàng;
Hợp đồng kinh tế;
Biên bản nghiệm thu;
Bảng lương;
Hồ sơ bảo hiểm;
Hồ sơ thuế;
Sổ kế toán chi tiết và tổng hợp;
Báo cáo tài chính;
Hồ sơ tài sản cố định;
Hồ sơ kiểm kê;
Hồ sơ vay vốn;
Biên bản xử lý hóa đơn;
Dữ liệu hóa đơn điện tử;
Tài liệu giải trình khi kiểm tra thuế.
Thời hạn lưu trữ được xác định theo từng loại tài liệu. Tài liệu dùng cho quản lý, điều hành nhưng không sử dụng trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính phải lưu tối thiểu 5 năm. Chứng từ dùng trực tiếp để ghi sổ, sổ kế toán và báo cáo tài chính năm thường phải lưu tối thiểu 10 năm; tài liệu có tính sử liệu hoặc ý nghĩa đặc biệt phải lưu trữ vĩnh viễn.
Phòng khám nên duy trì ít nhất hai lớp sao lưu dữ liệu điện tử:
Một bản trên hệ thống vận hành hoặc máy chủ chính;
Một bản sao lưu độc lập trên máy chủ dự phòng hoặc dịch vụ lưu trữ bảo mật.
Quyền truy cập phải được phân cấp. Nhân viên thu ngân không nên có quyền sửa sổ kế toán; nhân viên kế toán không nên tự xóa dữ liệu khám bệnh; người quản trị phần mềm phải có nhật ký ghi nhận mọi thao tác điều chỉnh.
Hồ sơ kế toán cần được lưu riêng với hồ sơ bệnh án nhưng có cơ chế liên kết bằng mã người bệnh hoặc mã giao dịch. Khi cung cấp tài liệu cho cơ quan thuế, phòng khám phải kiểm soát việc tiết lộ thông tin sức khỏe, chỉ cung cấp dữ liệu cần thiết cho mục đích kiểm tra tài chính và tuân thủ nghĩa vụ bảo mật người bệnh.
“Lịch thuế quanh năm” – Những loại thuế phòng khám tư nhân phải thực hiện
Hoạt động khám chữa bệnh có đặc thù là vừa chịu sự quản lý chuyên môn của ngành y tế, vừa phải thực hiện đầy đủ quy định về kế toán, hóa đơn và thuế. Việc phòng khám cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe không đồng nghĩa mọi khoản thu đều được miễn thuế hoặc không phải kê khai.
Trước tiên, cần xác định chủ thể vận hành phòng khám là doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hay đơn vị sự nghiệp ngoài công lập. Cách tính thuế thu nhập, chế độ kế toán và hồ sơ quyết toán của từng mô hình không hoàn toàn giống nhau. Nội dung dưới đây tập trung chủ yếu vào phòng khám được doanh nghiệp thành lập và vận hành; trường hợp phòng khám thuộc hộ hoặc cá nhân kinh doanh phải đối chiếu thêm Luật Thuế thu nhập cá nhân năm 2025 và các văn bản hướng dẫn áp dụng từ ngày 01/07/2026.
Thuế giá trị gia tăng (GTGT)
Dịch vụ y tế thuộc nhóm không chịu thuế GTGT. Phạm vi này bao gồm dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh và những dịch vụ y tế đáp ứng điều kiện theo pháp luật chuyên ngành.
Trường hợp gói dịch vụ chữa bệnh theo quy định chuyên môn bao gồm cả thuốc chữa bệnh thì khoản tiền thuốc nằm trong gói dịch vụ cũng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, phòng khám phải chứng minh thuốc thực sự là một phần của quá trình điều trị, được sử dụng hoặc cung cấp theo hồ sơ chuyên môn, chứ không phải hoạt động bán lẻ thuốc độc lập.
Phòng khám cần phân biệt rõ “không chịu thuế GTGT” với “thuế suất 0%”. Dịch vụ không chịu thuế không phát sinh thuế GTGT đầu ra, nhưng thuế GTGT đầu vào liên quan trực tiếp đến hoạt động này về nguyên tắc không được khấu trừ như đối với hoạt động chịu thuế.
Ví dụ, thuế GTGT trên hóa đơn mua máy siêu âm, máy xét nghiệm, vật tư tiêu hao, dịch vụ thuê phần mềm hoặc chi phí sửa chữa phục vụ riêng cho hoạt động khám chữa bệnh không chịu thuế phải được xử lý vào nguyên giá tài sản hoặc chi phí theo quy định kế toán, thay vì tự động đưa toàn bộ vào số thuế được khấu trừ.
Nếu phòng khám đồng thời có hoạt động không chịu thuế và hoạt động chịu thuế, cơ sở phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. Trường hợp không thể hạch toán riêng thì phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu của hoạt động chịu thuế trên tổng doanh thu theo quy định hiện hành.
Những khoản thu cần được tách riêng để xác định thuế GTGT gồm:
Dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh;
Dịch vụ xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh và thủ thuật;
Gói khám sức khỏe;
Bán thuốc ngoài gói điều trị;
Bán mỹ phẩm, thực phẩm hoặc hàng hóa;
Cho thuê mặt bằng, thiết bị;
Dịch vụ đào tạo hoặc tư vấn không thuộc hoạt động khám chữa bệnh;
Các khoản thu hộ, chi hộ;
Dịch vụ khác ngoài phạm vi y tế.
Nếu phòng khám bán mỹ phẩm, thực phẩm bảo vệ sức khỏe, vật tư, hàng tiêu dùng hoặc cung cấp dịch vụ không thuộc nhóm dịch vụ y tế không chịu thuế, các khoản này phải được xác định thuế suất riêng. Không nên gộp tất cả vào một tên gọi chung như “phí điều trị” để áp dụng chính sách không chịu thuế.
Hóa đơn xuất cho người bệnh vẫn phải thể hiện đúng tên dịch vụ, số lượng, đơn giá, khoản giảm giá và tổng số tiền thanh toán. Việc dịch vụ không chịu thuế GTGT không có nghĩa phòng khám được bỏ qua nghĩa vụ lập hóa đơn hoặc chỉ sử dụng phiếu thu nội bộ. Quy định về hóa đơn điện tử đã được sửa đổi từ ngày 01/06/2025 và tiếp tục được điều chỉnh theo hệ thống pháp luật quản lý thuế có hiệu lực từ tháng 7/2026.
Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
Thuế TNDN được tính trên thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp, không tính trực tiếp trên toàn bộ số tiền phòng khám thu được. Về nguyên tắc, thu nhập tính thuế được xác định từ doanh thu, trừ chi phí được trừ và các khoản lỗ được chuyển theo quy định, sau đó điều chỉnh các khoản thu nhập khác, miễn thuế hoặc không được trừ.
Từ ngày 01/10/2025, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 quy định mức thuế suất phổ thông là 20%. Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng có thể thuộc diện áp dụng thuế suất 15%; doanh nghiệp có tổng doanh thu trên 3 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng có thể áp dụng thuế suất 17%, nếu đáp ứng các điều kiện tương ứng. Doanh thu làm căn cứ xác định mức thuế suất được xem xét theo kỳ tính thuế trước liền kề.
Phòng khám không nên nhầm giữa dịch vụ y tế không chịu thuế GTGT và thu nhập được miễn thuế TNDN. Doanh thu khám chữa bệnh của một phòng khám tư nhân vẫn được đưa vào kết quả kinh doanh để xác định thu nhập chịu thuế TNDN, trừ khi cơ sở thuộc một trường hợp miễn hoặc ưu đãi cụ thể được pháp luật quy định.
Các khoản thu nhập thường phải tổng hợp khi quyết toán gồm:
Doanh thu khám bệnh;
Doanh thu thực hiện thủ thuật và kỹ thuật chuyên môn;
Doanh thu xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh;
Doanh thu khám sức khỏe theo hợp đồng;
Khoản thu từ bán hàng hóa;
Khoản thu do thanh lý thiết bị;
Tiền lãi ngân hàng;
Khoản bồi thường, hỗ trợ hoặc thu nhập khác;
Các khoản công nợ không còn phải trả được xử lý theo quy định.
Chi phí chỉ được tính vào chi phí được trừ khi có liên quan đến hoạt động kinh doanh, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp và đáp ứng điều kiện thanh toán theo quy định. Việc chi tiền trên thực tế nhưng không có hồ sơ chứng minh chưa đủ để đưa khoản chi vào quyết toán thuế.
Phòng khám cần đặc biệt kiểm tra các khoản dễ bị loại như:
Lương nhưng không có hợp đồng hoặc bảng lương;
Tiền trả bác sĩ cộng tác nhưng không có hồ sơ dịch vụ;
Chi phí mua thuốc không có hóa đơn;
Vật tư xuất kho không gắn với hồ sơ người bệnh;
Khấu hao thiết bị không thuộc sở hữu hoặc chưa đưa vào sử dụng;
Chi phí cá nhân của chủ phòng khám;
Chi phí quảng cáo không có hợp đồng và chứng từ;
Khoản tiền phạt vi phạm hành chính;
Chi phí không phục vụ hoạt động của phòng khám;
Các khoản thanh toán không đáp ứng điều kiện về chứng từ thanh toán.
Doanh nghiệp phải tự xác định số thuế TNDN tạm nộp trong năm, theo dõi kết quả kinh doanh và thực hiện quyết toán khi kết thúc năm tài chính. Hồ sơ quyết toán thông thường bao gồm tờ khai quyết toán, báo cáo tài chính và các phụ lục liên quan đến kết quả hoạt động, chuyển lỗ, ưu đãi hoặc nghĩa vụ phát sinh khác.
Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)
Phòng khám phát sinh nghĩa vụ về thuế TNCN khi trả tiền lương, tiền công hoặc các khoản thu nhập chịu thuế cho bác sĩ, điều dưỡng, kỹ thuật viên, nhân viên lễ tân, nhân viên marketing, người quản lý và cá nhân cộng tác với phòng khám.
Bộ phận kế toán cần phân biệt ít nhất ba nhóm:
Người lao động ký hợp đồng lao động;
Cá nhân làm việc theo hợp đồng dịch vụ hoặc cộng tác;
Cá nhân không cư trú hoặc chuyên gia nước ngoài.
Mỗi nhóm có cách khấu trừ, tính thuế và hồ sơ chứng minh khác nhau. Không nên áp dụng cùng một phương pháp khấu trừ cho tất cả bác sĩ chỉ vì họ đều nhận tiền từ phòng khám.
Đối với nhân viên làm việc thường xuyên, phòng khám cần quản lý:
Hợp đồng lao động;
Mức lương, phụ cấp và khoản hỗ trợ;
Bảng chấm công;
Bảng tính lương;
Hồ sơ người phụ thuộc;
Khoản bảo hiểm bắt buộc;
Thuế đã khấu trừ;
Chứng từ thanh toán lương;
Chứng từ khấu trừ thuế khi cá nhân yêu cầu;
Giấy ủy quyền quyết toán thuế nếu có.
Đối với bác sĩ hoặc chuyên gia làm việc theo ca, theo số lượng người bệnh hoặc theo tỷ lệ doanh thu, hợp đồng phải ghi rõ bản chất quan hệ, công việc thực hiện, phương pháp xác định thù lao, nghĩa vụ thuế và trách nhiệm xuất hóa đơn hoặc khấu trừ thuế.
Phòng khám không nên chỉ ghi chung “chi phí bác sĩ” trong sổ kế toán. Mỗi khoản chi cần có hồ sơ xác định người nhận, thời gian làm việc, dịch vụ đã thực hiện, số tiền phải trả, khoản thuế đã khấu trừ và chứng từ thanh toán.
Từ ngày 01/07/2026, Luật Thuế thu nhập cá nhân năm 2025 có hiệu lực. Vì vậy, bảng tính lương, mức giảm trừ và cách xác định nghĩa vụ thuế của các kỳ trước và sau thời điểm này cần được cập nhật đúng văn bản áp dụng tại từng thời kỳ.
Phòng khám thực hiện khai thuế TNCN theo tháng hoặc quý tùy trường hợp, đồng thời quyết toán thuế thay cho những cá nhân đủ điều kiện ủy quyền. Cá nhân có nhiều nguồn thu nhập hoặc không đủ điều kiện ủy quyền có thể phải trực tiếp quyết toán với cơ quan thuế.
Lệ phí môn bài
Từ ngày 01/01/2026, việc thu và nộp lệ phí môn bài đã chấm dứt. Do đó, phòng khám đang hoạt động trong năm 2026 không tiếp tục lập nghĩa vụ lệ phí môn bài hằng năm như giai đoạn trước.
Tuy nhiên, việc chấm dứt thu lệ phí môn bài từ năm 2026 không tự động xóa các khoản nợ, tiền chậm nộp hoặc nghĩa vụ phát sinh trước ngày 01/01/2026. Phòng khám cần kiểm tra tài khoản thuế để xác định:
Có còn nợ lệ phí môn bài của các năm trước hay không;
Đã nộp đúng tiểu mục ngân sách hay chưa;
Địa điểm kinh doanh cũ có còn nghĩa vụ chưa xử lý hay không;
Có khoản tiền nộp thừa cần bù trừ hay hoàn trả hay không;
Cơ quan thuế đã cập nhật đầy đủ trạng thái nghĩa vụ chưa.
Đối với phòng khám mới thành lập từ năm 2026, kế toán không nên tiếp tục lập tờ khai và nộp tiền môn bài chỉ vì sử dụng lại lịch thuế hoặc biểu mẫu của những năm cũ.
Các nghĩa vụ kê khai và quyết toán định kỳ
Nghĩa vụ định kỳ của phòng khám không chỉ bao gồm nộp tiền thuế. Cơ sở còn phải lập hóa đơn điện tử, ghi nhận sổ kế toán, kê khai thuế, lập báo cáo tài chính, quyết toán thuế và lưu trữ chứng từ.
Theo quy định có hiệu lực từ ngày 01/07/2026:
Hồ sơ khai thuế theo tháng được nộp chậm nhất vào ngày thứ 20 của tháng tiếp theo;
Hồ sơ khai thuế theo quý được nộp chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo;
Hồ sơ quyết toán thuế của tổ chức được nộp chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc kỳ quyết toán;
Cá nhân trực tiếp quyết toán thuế TNCN nộp hồ sơ chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ tư kể từ ngày kết thúc năm dương lịch.
Phòng khám nên lập lịch thuế nội bộ theo tháng, quý và năm. Mỗi công việc cần ghi rõ người thực hiện, người kiểm tra, người ký, thời điểm hoàn thành và nơi lưu hồ sơ.
Một quy trình tối thiểu có thể được thực hiện như sau:
Cuối mỗi ngày, đối chiếu lượt khám với hóa đơn và tiền đã thu;
Cuối mỗi tháng, khóa doanh thu, công nợ, kho thuốc và vật tư;
Cuối mỗi quý, rà soát thuế GTGT, TNCN và số thuế TNDN tạm nộp;
Cuối năm, kiểm kê tài sản, thuốc, vật tư và công nợ;
Lập báo cáo tài chính và hồ sơ quyết toán;
Đối chiếu nghĩa vụ trên hệ thống thuế điện tử;
Lưu hồ sơ theo từng kỳ và từng sắc thuế.
Checklist
● Thuế phải kê khai
Phòng khám cần xác định nghĩa vụ khai thuế GTGT theo hoạt động thực tế; khai và khấu trừ thuế TNCN đối với người nhận thu nhập; tạm nộp và quyết toán thuế TNDN; kê khai các khoản thuế khác nếu phát sinh hoạt động bán hàng, cho thuê tài sản, trả tiền cho nhà thầu nước ngoài hoặc thực hiện giao dịch đặc thù.
Lệ phí môn bài không còn được thu từ ngày 01/01/2026, nhưng vẫn phải kiểm tra và xử lý những nghĩa vụ còn tồn tại của thời kỳ trước.
● Báo cáo phải nộp
Tùy mô hình và tình trạng hoạt động, hồ sơ có thể bao gồm:
Tờ khai thuế GTGT;
Tờ khai thuế TNCN;
Tờ khai quyết toán thuế TNCN;
Tờ khai quyết toán thuế TNDN;
Báo cáo tài chính năm;
Phụ lục kết quả hoạt động kinh doanh;
Phụ lục chuyển lỗ;
Phụ lục ưu đãi thuế nếu có;
Báo cáo sử dụng hoặc dữ liệu hóa đơn theo trường hợp pháp luật yêu cầu;
Hồ sơ khai bổ sung khi phát hiện sai sót.
● Thời hạn thực hiện
Kế toán cần theo dõi riêng thời hạn khai tháng, khai quý, quyết toán năm, thời hạn nộp tiền thuế và thời hạn giải trình khi có thông báo của cơ quan thuế. Trường hợp ngày cuối cùng trùng ngày nghỉ thì thời hạn được xử lý theo quy định pháp luật về thời hạn.
Không nên chờ đến sát ngày hết hạn mới đối chiếu doanh thu. Dữ liệu phòng khám thường nằm ở nhiều hệ thống như phần mềm khám bệnh, phần mềm thu ngân, phần mềm kho, hóa đơn điện tử, ngân hàng và sổ kế toán. Nếu các hệ thống chưa thống nhất, việc lập tờ khai vào ngày cuối cùng dễ dẫn đến sai lệch.
● Hồ sơ cần lưu
Phòng khám nên lưu ít nhất các nhóm hồ sơ sau:
Giấy phép hoạt động và hồ sơ pháp lý của cơ sở;
Hợp đồng khám chữa bệnh;
Hóa đơn điện tử đầu ra;
Bảng kê dịch vụ và chứng từ thu tiền;
Hợp đồng khám sức khỏe doanh nghiệp;
Hồ sơ nghiệm thu dịch vụ;
Hóa đơn, chứng từ mua thuốc và vật tư;
Phiếu nhập, xuất và kiểm kê kho;
Hợp đồng lao động và hồ sơ tiền lương;
Hợp đồng với bác sĩ cộng tác;
Tờ khai và chứng từ khấu trừ thuế TNCN;
Hợp đồng thuê mặt bằng;
Hồ sơ tài sản cố định và bảng khấu hao;
Hợp đồng quảng cáo, nội dung quảng cáo và chứng từ thanh toán;
Sao kê ngân hàng;
Sổ kế toán và báo cáo tài chính;
Biên bản đối chiếu công nợ;
Tờ khai thuế và giấy nộp tiền;
Thông báo, biên bản làm việc với cơ quan thuế.
“Bài toán doanh thu” – Những khoản thu và chi cần hạch toán đúng
Kế toán phòng khám không thể chỉ căn cứ vào số tiền còn lại trong tài khoản ngân hàng. Doanh thu phải được xác định theo dịch vụ đã cung cấp, hóa đơn đã lập, tiền mặt đã thu, khoản chuyển khoản, công nợ của khách hàng và nghĩa vụ thanh toán của đơn vị bảo hiểm hoặc đối tác.
Mỗi khoản chi cũng phải được kiểm tra đồng thời về tính thực tế, mục đích sử dụng, hóa đơn, thanh toán và mối liên hệ với hoạt động của phòng khám. Một khoản chi cần thiết về chuyên môn chưa chắc đã được chấp nhận về thuế nếu hồ sơ chứng minh không đầy đủ.
Doanh thu khám chữa bệnh
Doanh thu khám chữa bệnh bao gồm khoản thu từ khám ban đầu, tái khám, tư vấn chuyên môn, điều trị và những dịch vụ nằm trong phạm vi hoạt động của phòng khám.
Doanh thu cần được đối chiếu từ các nguồn:
Sổ tiếp nhận người bệnh;
Phần mềm quản lý khám bệnh;
Phiếu chỉ định;
Bảng kê dịch vụ;
Hóa đơn điện tử;
Phiếu thu;
Máy POS;
Sao kê ngân hàng;
Ví điện tử;
Khoản phải thu của người bệnh;
Khoản thanh toán của doanh nghiệp hoặc tổ chức bảo hiểm.
Phòng khám không nên chỉ ghi nhận doanh thu khi tiền được chuyển vào ngân hàng. Trường hợp dịch vụ đã hoàn thành nhưng người bệnh hoặc đơn vị ký hợp đồng chưa thanh toán, kế toán vẫn phải xác định đúng thời điểm ghi nhận doanh thu và công nợ theo quy định.
Đối với tiền đặt cọc hoặc tiền tạm ứng, cần phân biệt khoản nhận trước với doanh thu của dịch vụ đã hoàn thành. Khi hoàn tất dịch vụ, kế toán phải đối trừ tiền tạm ứng và lập chứng từ tương ứng, tránh ghi nhận doanh thu hai lần.
Các khoản miễn, giảm hoặc hoàn tiền phải có chính sách và hồ sơ phê duyệt. Không nên cho phép nhân viên thu ngân tự giảm giá trên phần mềm mà không lưu lý do và người có thẩm quyền chấp thuận.
Doanh thu khám sức khỏe doanh nghiệp
Khám sức khỏe cho người lao động thường được thực hiện theo hợp đồng giữa phòng khám và doanh nghiệp. Doanh thu có thể được xác định theo số người thực tế tham gia, gói khám, dịch vụ bổ sung và điều kiện nghiệm thu trong hợp đồng.
Hồ sơ cần có:
Hợp đồng khám sức khỏe;
Phụ lục danh mục khám;
Bảng giá;
Danh sách người được khám;
Phiếu khám và kết quả chuyên môn;
Biên bản xác nhận số lượng;
Biên bản nghiệm thu;
Đề nghị thanh toán;
Hóa đơn;
Chứng từ thanh toán;
Biên bản điều chỉnh nếu số người thực tế khác hợp đồng.
Trường hợp hợp đồng bao gồm khám lâm sàng, xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh, vận chuyển, ăn uống hoặc dịch vụ hành chính khác, phòng khám cần phân loại rõ từng khoản. Không nên mặc nhiên xem toàn bộ giá trị hợp đồng là dịch vụ y tế không chịu thuế nếu trong đó có những dịch vụ độc lập ngoài phạm vi khám chữa bệnh.
Nếu phòng khám thuê một cơ sở khác thực hiện một số xét nghiệm, cần lưu hợp đồng dịch vụ, phiếu chuyển mẫu, kết quả, hóa đơn đầu vào và tài liệu chứng minh trách nhiệm của từng bên.
Doanh thu dịch vụ kỹ thuật
Doanh thu kỹ thuật phát sinh từ xét nghiệm, siêu âm, nội soi, chẩn đoán hình ảnh, thủ thuật, tiểu phẫu, phục hồi chức năng hoặc kỹ thuật chuyên môn khác được phòng khám phép thực hiện.
Mỗi khoản doanh thu phải gắn với:
Chỉ định của người hành nghề;
Danh mục kỹ thuật đã được phê duyệt;
Người thực hiện;
Thời gian thực hiện;
Kết quả kỹ thuật;
Thuốc, vật tư đã sử dụng;
Giá dịch vụ;
Hóa đơn và chứng từ thanh toán.
Phần mềm kế toán cần đồng bộ với phần mềm quản lý khám chữa bệnh. Nếu hóa đơn thể hiện có kỹ thuật nhưng hồ sơ chuyên môn không có chỉ định hoặc kết quả, cơ sở có thể gặp rủi ro trong cả thanh tra y tế lẫn kiểm tra thuế.
Trường hợp một gói điều trị gồm nhiều kỹ thuật, phòng khám cần xây dựng cơ cấu giá, quy định dịch vụ nào đã nằm trong gói và dịch vụ nào thu thêm. Không được vừa thu giá trọn gói vừa tiếp tục thu riêng những khoản đã được cấu thành trong gói mà không thông báo cho người bệnh.
Chi phí tiền lương
Tiền lương thường là một trong những khoản chi lớn nhất của phòng khám. Để được ghi nhận đầy đủ, cơ sở cần có bộ hồ sơ nhân sự và tiền lương thống nhất.
Hồ sơ nên bao gồm:
Hợp đồng lao động hoặc quyết định tuyển dụng;
Mô tả công việc;
Hồ sơ đăng ký hành nghề đối với nhân sự chuyên môn;
Bảng chấm công hoặc lịch làm việc;
Bảng tính lương;
Quy chế lương, thưởng;
Quyết định thưởng;
Chứng từ thanh toán;
Hồ sơ bảo hiểm;
Hồ sơ thuế TNCN.
Đối với bác sĩ hưởng thù lao theo tỷ lệ doanh thu, hợp đồng phải quy định rõ doanh thu dùng để tính tỷ lệ là doanh thu trước hay sau giảm giá, có bao gồm vật tư hay không, thời điểm chốt số liệu và cách xử lý khi người bệnh hoàn tiền.
Tiền thưởng, phụ cấp trực, phụ cấp chuyên môn hoặc khoản hỗ trợ cần có căn cứ trong hợp đồng, thỏa ước, quy chế hoặc quyết định của phòng khám. Việc chỉ ghi một khoản tổng cộng trên bảng lương mà không có căn cứ dễ dẫn đến khó giải trình.
Chi phí thuê mặt bằng
Chi phí thuê mặt bằng có thể bao gồm tiền thuê, phí quản lý, phí gửi xe, tiền điện nước, chi phí sửa chữa và khoản đặt cọc.
Phòng khám cần lưu:
Hợp đồng thuê;
Giấy tờ xác định chủ thể cho thuê;
Biên bản bàn giao;
Phụ lục điều chỉnh giá;
Chứng từ thanh toán;
Hóa đơn hoặc chứng từ thuế phù hợp;
Hồ sơ sửa chữa, cải tạo;
Biên bản đối chiếu công nợ;
Hồ sơ hoàn trả hoặc cấn trừ tiền đặt cọc.
Hợp đồng cần xác định bên nào chịu nghĩa vụ thuế phát sinh từ việc cho thuê. Nếu chủ nhà là cá nhân, phòng khám phải kiểm tra phương thức kê khai, nộp thuế và trách nhiệm của từng bên theo hợp đồng và quy định áp dụng tại thời điểm thanh toán.
Khoản đặt cọc không được tự động ghi nhận toàn bộ vào chi phí thuê. Chỉ khi khoản tiền được sử dụng để thanh toán tiền thuê, bồi thường hoặc không được hoàn lại theo căn cứ hợp pháp thì kế toán mới thực hiện xử lý tương ứng.
Chi phí thuốc và vật tư y tế
Thuốc, hóa chất và vật tư y tế phải được quản lý từ khi mua vào đến khi sử dụng cho từng người bệnh. Chứng từ thuế cần phù hợp với hồ sơ kho và hồ sơ chuyên môn.
Bộ hồ sơ cơ bản gồm:
Hợp đồng hoặc đơn đặt hàng;
Hóa đơn đầu vào;
Phiếu nhập kho;
Thông tin số lô và hạn dùng;
Phiếu xuất kho;
Phiếu lĩnh thuốc, vật tư;
Hồ sơ người bệnh;
Biên bản kiểm kê;
Biên bản xử lý hàng hết hạn hoặc hư hỏng;
Hồ sơ trả hàng;
Chứng từ thanh toán.
Lượng thuốc và vật tư xuất kho cần phù hợp với số lượng dịch vụ thực tế. Nếu phòng khám mua nhiều vật tư nhưng không chứng minh được đã dùng cho kỹ thuật nào, khoản chi có nguy cơ bị yêu cầu giải trình.
Đối với vật tư bị hủy do hết hạn, hư hỏng hoặc thu hồi, cơ sở cần có biên bản kiểm kê, quyết định xử lý, tài liệu xác định nguyên nhân và chứng từ tiêu hủy theo quy định. Không được tự giảm tồn kho trên phần mềm mà không có hồ sơ.
Thuế GTGT đầu vào của thuốc, vật tư sử dụng cho hoạt động khám chữa bệnh không chịu thuế cần được xử lý đúng nguyên tắc về thuế đầu vào không được khấu trừ hoặc phân bổ đối với hoạt động hỗn hợp.
Chi phí khấu hao thiết bị
Máy siêu âm, máy xét nghiệm, ghế nha khoa, máy nội soi, hệ thống X-quang, máy tính và nhiều thiết bị khác có thể được ghi nhận là tài sản cố định nếu đáp ứng điều kiện theo pháp luật kế toán và thuế.
Hồ sơ tài sản cần có:
Hợp đồng mua;
Hóa đơn;
Chứng từ thanh toán;
Biên bản giao nhận;
Hồ sơ nhập khẩu nếu có;
Chứng nhận, kiểm định hoặc giấy phép chuyên ngành;
Biên bản lắp đặt;
Biên bản nghiệm thu;
Ngày đưa vào sử dụng;
Quyết định ghi tăng tài sản;
Bảng tính khấu hao;
Hồ sơ sửa chữa và bảo trì.
Khấu hao chỉ nên được tính từ thời điểm tài sản đã sẵn sàng đưa vào sử dụng. Việc đã thanh toán tiền mua máy nhưng máy chưa lắp đặt, chưa nghiệm thu hoặc chưa đủ điều kiện chuyên môn để vận hành có thể ảnh hưởng đến thời điểm bắt đầu khấu hao.
Thiết bị thuộc sở hữu của bác sĩ, công ty liên kết hoặc đơn vị cho mượn không được tự động ghi nhận là tài sản của phòng khám. Cần có hợp đồng thuê, mượn hoặc hợp tác và phương pháp phân bổ chi phí phù hợp.
Chi phí sửa chữa thường xuyên được phân biệt với khoản nâng cấp làm tăng công suất, kéo dài thời gian sử dụng hoặc tạo thêm tính năng. Khoản nâng cấp lớn có thể phải ghi tăng nguyên giá và phân bổ thông qua khấu hao thay vì đưa toàn bộ vào chi phí trong một kỳ.
Chi phí quảng cáo và truyền thông
Chi phí quảng cáo có thể bao gồm chạy quảng cáo Facebook, Google, TikTok; thiết kế website; quay video; thuê người sáng tạo nội dung; thiết kế hình ảnh; in tờ rơi; thuê biển quảng cáo và tổ chức chương trình truyền thông.
Để ghi nhận chi phí, phòng khám cần lưu:
Hợp đồng dịch vụ;
Nội dung công việc;
Báo giá;
Biên bản nghiệm thu;
Hóa đơn;
Chứng từ thanh toán;
Báo cáo chiến dịch;
Tài khoản quảng cáo;
Danh sách nội dung đã đăng;
Tài liệu chứng minh quyền sử dụng hình ảnh;
Hồ sơ pháp lý của nội dung quảng cáo khi cần thiết.
Nếu quảng cáo được mua trực tiếp từ nền tảng hoặc nhà cung cấp nước ngoài, phòng khám phải kiểm tra nghĩa vụ hóa đơn, chứng từ và thuế nhà thầu hoặc cơ chế thuế áp dụng cho nhà cung cấp nước ngoài.
Chi phí phải phục vụ hoạt động của phòng khám và có khả năng chứng minh. Việc chuyển tiền cho tài khoản cá nhân của nhân viên marketing nhưng không có hợp đồng, hóa đơn hoặc bảng kê công việc sẽ tạo rủi ro khi quyết toán.
Nội dung quảng cáo cũng phải phù hợp với giấy phép hoạt động, phạm vi chuyên môn và quy định quảng cáo y tế. Nếu phòng khám bị xử phạt do quảng cáo sai, khoản tiền phạt không được xem như chi phí quảng cáo thông thường để làm giảm nghĩa vụ thuế.
Bộ phận kế toán nên phối hợp với bộ phận pháp lý và marketing ngay từ khi ký hợp đồng. Một chiến dịch có đầy đủ hóa đơn nhưng quảng cáo dịch vụ chưa được cấp phép vẫn có thể khiến phòng khám chịu rủi ro chuyên ngành, bị buộc gỡ nội dung và phát sinh khoản chi không mang lại hiệu quả.
Nguyên tắc quan trọng nhất là mọi khoản thu phải đi từ hồ sơ chuyên môn đến hóa đơn và sổ kế toán; mọi khoản chi phải đi từ nhu cầu thực tế đến hợp đồng, chứng từ, thanh toán và kết quả sử dụng. Khi các mắt xích này thống nhất, phòng khám vừa kiểm soát được lợi nhuận, vừa giảm nguy cơ bị loại chi phí hoặc ấn định nghĩa vụ thuế.
“Radar kiểm tra” – Những lỗi hóa đơn và thuế khiến phòng khám bị xử phạt
Hoạt động của phòng khám tạo ra nhiều lớp dữ liệu cùng lúc: lịch hẹn, lượt khám, hồ sơ bệnh án, chỉ định kỹ thuật, phiếu thu, giao dịch ngân hàng, hóa đơn điện tử và số liệu kế toán. Chỉ cần một lớp dữ liệu không khớp với phần còn lại, phòng khám có thể bị yêu cầu giải trình doanh thu, chi phí hoặc nghĩa vụ thuế.
Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực. Khung xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn cũng đã được cập nhật gần đây bởi Nghị định 291/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 21/07/2026. Vì vậy, phòng khám cần rà soát quy trình theo quy định đang áp dụng, không nên tiếp tục sử dụng máy móc các hướng dẫn nội bộ được xây dựng từ nhiều năm trước.
Không xuất hóa đơn khi cung cấp dịch vụ
Một trong những lỗi phổ biến là phòng khám chỉ lập phiếu thu, biên lai nội bộ hoặc gửi tin nhắn xác nhận thanh toán nhưng không lập hóa đơn điện tử.
Phiếu thu chỉ phản ánh việc phòng khám đã nhận tiền. Phiếu thu không thay thế hóa đơn đối với hoạt động cung cấp dịch vụ. Khi cung cấp dịch vụ khám bệnh, xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh, thủ thuật, điều trị hoặc dịch vụ khác có thu tiền, phòng khám phải xác định nghĩa vụ lập hóa đơn theo quy định, kể cả khi người bệnh không yêu cầu lấy hóa đơn.
Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi quy định về hóa đơn, chứng từ và có hiệu lực từ ngày 01/06/2025. Nguyên tắc chung là khi bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử, trừ trường hợp được pháp luật quy định không phải sử dụng hóa đơn.
Những tình huống phòng khám dễ bỏ sót hóa đơn gồm:
Người bệnh thanh toán bằng tiền mặt tại quầy lễ tân;
Bác sĩ thu tiền trực tiếp trong phòng khám;
Người bệnh chuyển khoản vào tài khoản cá nhân;
Phòng khám thu tiền tư vấn trực tuyến;
Thu tiền đặt lịch nhưng sau đó được trừ vào chi phí khám;
Thu tiền gói khám sức khỏe của cá nhân;
Thu tiền dịch vụ theo yêu cầu ngoài phạm vi BHYT;
Thu phí lấy mẫu tại nhà;
Thu tiền ngoài giờ hoặc ngày nghỉ;
Thu tiền thuốc, vật tư hoặc sản phẩm bán kèm;
Thu qua ví điện tử hoặc mã QR nhưng không chuyển dữ liệu sang phần mềm hóa đơn.
Phòng khám nên thiết lập nguyên tắc: mỗi khoản tiền nhận được phải được gắn với một mã giao dịch, một người bệnh, một nội dung dịch vụ và một trạng thái hóa đơn. Cuối ngày, không được tồn tại giao dịch đã thu tiền nhưng chưa xác định cách xử lý hóa đơn.
Xuất hóa đơn sai thời điểm
Xuất đủ hóa đơn nhưng xuất không đúng thời điểm vẫn có thể bị xem là vi phạm.
Đối với hoạt động cung cấp dịch vụ, thời điểm lập hóa đơn về nguyên tắc là thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa. Trường hợp đơn vị thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp dịch vụ, thời điểm lập hóa đơn có thể được xác định theo thời điểm thu tiền, trừ một số khoản đặt cọc hoặc tạm ứng thuộc trường hợp đặc thù được pháp luật loại trừ.
Phòng khám dễ xuất hóa đơn sai thời điểm trong các trường hợp:
Khám xong hôm nay nhưng cuối tháng mới xuất hóa đơn;
Đã thu đủ tiền gói dịch vụ nhưng chờ thực hiện xong toàn bộ mới lập hóa đơn;
Người bệnh chuyển khoản trước nhưng kế toán không nhận được thông tin;
Lễ tân chờ người bệnh yêu cầu mới xuất;
Hủy lịch khám nhưng không xử lý khoản tiền đã thu;
Chỉ xuất hóa đơn sau khi hợp đồng khám sức khỏe doanh nghiệp được thanh toán;
Gộp nhiều lượt khám của cá nhân vào một hóa đơn cuối tháng;
Chuyển dữ liệu từ phần mềm quản lý sang phần mềm hóa đơn không kịp thời.
Đối với gói khám hoặc quá trình điều trị kéo dài nhiều lần, phòng khám phải xác định rõ bản chất của khoản thu, thời điểm hoàn thành từng phần dịch vụ và điều khoản hợp đồng. Không nên mặc định mọi khoản thu trước đều là “tiền đặt cọc” để trì hoãn việc lập hóa đơn.
Quy trình kiểm soát nên có ba mốc:
Thời điểm người bệnh đăng ký dịch vụ;
Thời điểm phòng khám nhận tiền;
Thời điểm dịch vụ hoàn thành.
Phần mềm phải cảnh báo khi đã phát sinh một trong các mốc cần lập hóa đơn nhưng giao dịch vẫn ở trạng thái chưa xử lý.
Kê khai doanh thu không đầy đủ
Doanh thu của phòng khám không chỉ là số tiền được ghi trên hóa đơn do kế toán nhìn thấy. Cơ quan kiểm tra có thể đối chiếu số liệu từ nhiều nguồn để xác định doanh thu thực tế.
Các nguồn dữ liệu thường có thể được sử dụng để đối chiếu gồm:
Phần mềm tiếp nhận người bệnh;
Lịch hẹn khám;
Hồ sơ bệnh án;
Sổ thực hiện thủ thuật;
Sổ xét nghiệm;
Dữ liệu máy chẩn đoán;
Phần mềm bán hàng;
Phiếu thu tại quầy;
Sao kê tài khoản ngân hàng;
Tài khoản nhận tiền qua mã QR;
Dữ liệu hóa đơn điện tử;
Báo cáo doanh thu của từng bác sĩ;
Hợp đồng khám sức khỏe doanh nghiệp;
Báo cáo bảo hiểm y tế;
Dữ liệu bán thuốc và vật tư.
Ví dụ, trong tháng phần mềm quản lý ghi nhận 2.000 lượt khám có thu phí nhưng hệ thống hóa đơn chỉ có 1.500 giao dịch. Phòng khám phải giải thích được 500 lượt còn lại là khám miễn phí, tái khám không thu tiền, thuộc chương trình hỗ trợ, đã hủy hay bị bỏ sót doanh thu.
Không nên xóa lượt khám trên phần mềm chỉ vì người bệnh không lấy hóa đơn. Người bệnh có lấy hóa đơn hay không không phải là căn cứ quyết định phòng khám có ghi nhận doanh thu hay không.
Các khoản thu dễ bị bỏ ngoài sổ kế toán gồm:
Tiền khám thu trực tiếp bởi bác sĩ;
Tiền ngoài giờ;
Phụ phí khám nhanh;
Tiền tư vấn trực tuyến;
Tiền cấp giấy xác nhận hoặc bản sao hồ sơ;
Tiền bán thuốc hoặc sản phẩm;
Tiền dịch vụ do đối tác chuyển về;
Tiền thu qua tài khoản cá nhân;
Tiền cọc không được hoàn trả;
Khoản thu từ hợp đồng nhưng chưa xuất hóa đơn.
Phòng khám nên lập báo cáo đối chiếu doanh thu hằng ngày, thay vì chờ đến cuối quý mới so sánh. Càng để lâu, cơ sở càng khó xác định người thu tiền, nội dung giao dịch và nguyên nhân chênh lệch.
Hạch toán chi phí không có chứng từ hợp lệ
Không phải khoản tiền nào phòng khám đã chi cũng được chấp nhận là chi phí hợp lý khi tính thuế.
Chi phí cần phản ánh giao dịch thực tế, phục vụ hoạt động của phòng khám và có hồ sơ chứng minh phù hợp. Quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp hiện được hướng dẫn bởi Thông tư 20/2026/TT-BTC và các văn bản liên quan có hiệu lực trong năm 2026.
Những khoản chi thường gặp rủi ro gồm:
Mua thuốc, vật tư y tế nhưng chỉ có phiếu giao hàng;
Mua thiết bị cũ từ cá nhân nhưng không lập đủ hồ sơ;
Trả lương bác sĩ bằng tiền mặt nhưng thiếu bảng lương và chứng từ nhận tiền;
Trả tiền cộng tác chuyên môn nhưng không có hợp đồng;
Chi hoa hồng giới thiệu người bệnh nhưng không chứng minh được dịch vụ;
Thuê địa điểm nhưng hóa đơn và hợp đồng không thống nhất;
Thanh toán quảng cáo Facebook qua tài khoản cá nhân;
Mua hàng từ đơn vị đã ngừng hoạt động;
Hạch toán hóa đơn mang tên doanh nghiệp khác;
Ghi nhận chi phí cá nhân của chủ phòng khám;
Hạch toán toàn bộ máy móc giá trị lớn vào chi phí trong một kỳ;
Sử dụng hóa đơn có nội dung không phù hợp với hàng hóa thực tế nhận được.
Một bộ chứng từ chi phí không nên chỉ có hóa đơn. Tùy giao dịch, phòng khám còn cần:
Hợp đồng;
Báo giá hoặc đơn đặt hàng;
Biên bản giao nhận;
Phiếu nhập kho;
Biên bản nghiệm thu;
Chứng từ thanh toán;
Hồ sơ nhà cung cấp;
Tài liệu chứng minh tài sản đã được đưa vào sử dụng;
Bảng phân bổ hoặc hồ sơ khấu hao;
Chứng từ chuyên ngành đối với thuốc, thiết bị và vật tư y tế.
Kế toán cần kiểm tra tính hợp pháp của chứng từ trước khi hạch toán, không nên ghi nhận trước rồi chờ đến khi quyết toán thuế mới bổ sung.
Chậm nộp tờ khai thuế
Phòng khám có thể không phát sinh số thuế phải nộp nhưng vẫn có nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế theo kỳ nếu thuộc đối tượng phải khai.
Việc nhầm lẫn giữa “không phát sinh thuế” và “không cần nộp tờ khai” là nguyên nhân phổ biến dẫn đến hồ sơ bị nộp chậm.
Những hồ sơ có thể phát sinh tại phòng khám gồm:
Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng;
Hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân;
Báo cáo liên quan đến hóa đơn;
Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp;
Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân;
Hồ sơ khai lệ phí hoặc nghĩa vụ khác;
Tài liệu giải trình khi điều chỉnh số liệu;
Hồ sơ của địa điểm kinh doanh hoặc đơn vị phụ thuộc.
Phòng khám nên xây dựng lịch thuế theo tháng, quý và năm. Trên lịch cần ghi rõ:
Tên hồ sơ;
Kỳ khai;
Hạn hoàn thành dữ liệu;
Hạn kiểm tra nội bộ;
Hạn ký số;
Hạn nộp chính thức;
Người lập;
Người kiểm tra;
Người ký;
Trạng thái tiếp nhận của cơ quan thuế.
Không nên đợi đúng ngày cuối cùng mới lập tờ khai. Khi chữ ký số hết hạn, phần mềm lỗi hoặc dữ liệu chưa đối chiếu xong, phòng khám có thể không còn đủ thời gian xử lý.
Chậm nộp tiền thuế
Nộp tờ khai đúng hạn không đồng nghĩa đã hoàn thành nghĩa vụ thuế. Sau khi xác định số tiền phải nộp, phòng khám còn phải chuyển tiền vào ngân sách đúng thời hạn.
Chậm nộp tiền thuế có thể làm phát sinh tiền chậm nộp. Nếu nghĩa vụ kéo dài, cơ sở còn có nguy cơ bị áp dụng các biện pháp quản lý hoặc cưỡng chế theo quy định.
Các nguyên nhân thường gặp gồm:
Kế toán đã lập giấy nộp tiền nhưng chưa trình ký;
Tài khoản ngân hàng không đủ số dư;
Chuyển sai cơ quan thu hoặc sai nội dung;
Nộp nhầm tiểu mục;
Ngân hàng từ chối giao dịch;
Người quản lý cho rằng có thể chờ cơ quan thuế thông báo;
Đang khiếu nại nên tự dừng nộp tiền;
Chưa đối chiếu các khoản nộp thừa, nộp thiếu;
Có nhiều địa điểm hoạt động nhưng phân bổ nghĩa vụ sai.
Sau khi nộp, kế toán phải kiểm tra trạng thái hạch toán trên hệ thống, không chỉ lưu ủy nhiệm chi của ngân hàng. Một giao dịch chuyển tiền thành công chưa chắc đã được hạch toán đúng nghĩa vụ nếu thông tin trên chứng từ bị sai.
Lưu trữ chứng từ không đầy đủ
Phòng khám thường chú trọng lưu hồ sơ bệnh án nhưng lại xem nhẹ chứng từ kế toán, hoặc ngược lại. Khi kiểm tra, cơ sở cần chứng minh đồng thời giao dịch chuyên môn và giao dịch tài chính.
Tài liệu nên được lưu gồm:
Hóa đơn đầu ra;
Hóa đơn đầu vào;
Phiếu thu, phiếu chi;
Chứng từ ngân hàng;
Hợp đồng;
Biên bản nghiệm thu;
Bảng lương;
Hồ sơ người lao động;
Hồ sơ tài sản;
Phiếu nhập – xuất kho;
Sổ kho thuốc và vật tư;
Báo cáo doanh thu;
Hồ sơ khai thuế;
Thông báo của cơ quan thuế;
Hồ sơ điều chỉnh hóa đơn;
Dữ liệu từ phần mềm quản lý phòng khám.
Đối với tài liệu kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính, thời hạn lưu trữ thông thường tối thiểu là 10 năm, trừ trường hợp pháp luật chuyên ngành có quy định khác.
Đối với hóa đơn điện tử, phòng khám phải lưu được dữ liệu điện tử đầy đủ, có khả năng tra cứu, đọc và xuất trình. Bản PDF giúp người dùng dễ xem nhưng không nên là tệp duy nhất được lưu. Cơ sở cần bảo quản cả dữ liệu gốc, mã tra cứu, thông tin truyền nhận và tài liệu xử lý sai sót.
Ngoài việc mất hồ sơ, những lỗi sau cũng gây rủi ro:
Tệp điện tử không mở được;
Chỉ lưu trên máy tính của một nhân viên;
Không có bản sao dự phòng;
Thay đổi nhà cung cấp phần mềm nhưng không chuyển dữ liệu;
Không lưu lịch sử điều chỉnh;
Chứng từ giấy bị ẩm, mất chữ;
Hồ sơ kế toán và hồ sơ chuyên môn được lưu ở hai nơi nhưng không có mã liên kết;
Không xác định được ai được quyền sửa hoặc xóa dữ liệu.
Case Study: Một phòng khám bị truy thu thuế vì doanh thu trên phần mềm quản lý không khớp với doanh thu kê khai
Đây là tình huống minh họa thường gặp trong quá trình rà soát thuế tại phòng khám.
Phòng khám A sử dụng phần mềm để quản lý lịch hẹn, lượt khám, xét nghiệm và số tiền người bệnh phải thanh toán. Tuy nhiên, quy trình xuất hóa đơn lại được thực hiện trên một phần mềm độc lập.
Lễ tân chỉ chuyển thông tin cho kế toán đối với những người bệnh yêu cầu lấy hóa đơn. Các giao dịch tiền mặt còn lại được ghi nhận trên phần mềm khám bệnh nhưng cuối ngày không được tổng hợp đầy đủ vào doanh thu kế toán.
Trong quá trình kiểm tra, số liệu thể hiện:
Phần mềm quản lý ghi nhận 18.000 lượt dịch vụ có thu tiền;
Báo cáo quầy lễ tân có tổng số tiền cao hơn sổ kế toán;
Doanh thu chuyển khoản phù hợp tương đối với sao kê ngân hàng;
Doanh thu tiền mặt thấp bất thường;
Số hóa đơn phát hành chỉ tương ứng khoảng 70% lượt thu phí;
Một số bác sĩ có số lượt khám lớn nhưng doanh thu kê khai rất thấp;
Nhiều phiếu thu nội bộ không có hóa đơn tương ứng.
Cơ quan kiểm tra yêu cầu phòng khám giải trình từng nhóm chênh lệch. Phòng khám không xuất trình được danh sách lượt khám miễn phí, lượt hủy hoặc các giao dịch hoàn tiền. Cơ sở cũng không chứng minh được rằng số tiền trên phần mềm chỉ là giá dự kiến chưa thu.
Do không có dữ liệu đối chiếu đáng tin cậy, phần doanh thu chênh lệch bị xem xét xác định lại nghĩa vụ thuế. Phòng khám phải kê khai bổ sung, nộp phần thuế thiếu, tiền chậm nộp và chịu xử lý đối với hành vi liên quan.
Nguyên nhân gốc của vụ việc không chỉ là lỗi của kế toán. Quy trình vận hành đã thiếu các điểm kiểm soát:
Lễ tân được thu tiền nhưng không chịu trách nhiệm về trạng thái hóa đơn;
Phần mềm khám bệnh không liên thông với phần mềm kế toán;
Tài khoản cá nhân được sử dụng để nhận tiền;
Không lập báo cáo tiền mặt cuối ngày;
Không đối chiếu số lượt khám với doanh thu;
Không khóa dữ liệu sau khi kết thúc ca;
Người quản lý không xem báo cáo chênh lệch hằng tháng.
Sau khi điều chỉnh mô hình, phòng khám áp dụng một mã giao dịch duy nhất từ lúc tiếp nhận đến khi lập hóa đơn. Mỗi lượt khám chỉ được đóng hồ sơ khi đã xác định rõ số tiền phải thu, số tiền đã thu, phương thức thanh toán và số hóa đơn tương ứng.
Bài học quan trọng là doanh thu không được quyết định bởi việc người bệnh có yêu cầu hóa đơn hay không. Doanh thu phải được ghi nhận theo giao dịch thực tế và phản ánh thống nhất trên toàn bộ hệ thống.
“Kho dữ liệu an toàn” – Bí quyết quản lý chứng từ và hóa đơn khoa học
Quản lý chứng từ tốt không chỉ phục vụ quyết toán thuế. Một hệ thống dữ liệu khoa học còn giúp phòng khám kiểm soát tiền mặt, ngăn gian lận nội bộ, theo dõi công nợ, xác định hiệu quả từng dịch vụ và phản hồi nhanh khi cơ quan quản lý yêu cầu giải trình.
Phân loại chứng từ theo từng nhóm
Phòng khám không nên lưu tất cả hóa đơn, hợp đồng và phiếu thu trong một thư mục chung. Hồ sơ cần được phân loại theo bản chất và mục đích sử dụng.
Nhóm 1: Chứng từ doanh thu
Hóa đơn dịch vụ khám chữa bệnh;
Hóa đơn khám sức khỏe doanh nghiệp;
Hóa đơn bán thuốc hoặc vật tư;
Phiếu thu;
Báo cáo thanh toán;
Báo cáo bảo hiểm y tế;
Dữ liệu ví điện tử, QR và ngân hàng;
Hồ sơ giảm giá, hoàn tiền và hủy dịch vụ.
Nhóm 2: Chứng từ mua hàng
Hóa đơn mua thuốc;
Hóa đơn vật tư y tế;
Hóa đơn hóa chất, sinh phẩm;
Hồ sơ mua máy móc;
Phiếu nhập kho;
Biên bản giao nhận;
Hồ sơ nhà cung cấp;
Chứng từ thanh toán.
Nhóm 3: Chứng từ nhân sự
Hợp đồng lao động;
Hợp đồng cộng tác;
Bảng chấm công;
Bảng lương;
Chứng từ trả thu nhập;
Hồ sơ khấu trừ thuế;
Hồ sơ bảo hiểm;
Quyết định phụ cấp và thưởng.
Nhóm 4: Tài sản và công cụ
Hồ sơ mua sắm;
Biên bản bàn giao;
Hồ sơ đưa tài sản vào sử dụng;
Bảng khấu hao;
Hồ sơ sửa chữa;
Hồ sơ kiểm định, hiệu chuẩn hoặc bảo trì.
Nhóm 5: Hồ sơ thuế
Tờ khai;
Phụ lục;
Báo cáo tài chính;
Giấy nộp tiền;
Thông báo tiếp nhận;
Hồ sơ khai bổ sung;
Biên bản kiểm tra;
Văn bản giải trình.
Mỗi chứng từ nên được đặt mã theo cấu trúc thống nhất, chẳng hạn:
Năm – Tháng – Nhóm chứng từ – Số giao dịch – Nhà cung cấp hoặc người bệnh.
Cách đặt mã này giúp tìm lại hồ sơ mà không phải mở từng tệp.
Đồng bộ dữ liệu giữa phần mềm khám bệnh và phần mềm kế toán
Phần mềm khám bệnh và phần mềm kế toán có thể khác nhau về chức năng nhưng không được tạo ra hai bộ số liệu độc lập.
Phòng khám nên xác định một mã giao dịch xuyên suốt cho mỗi lượt khám. Mã này được sử dụng tại:
Quầy tiếp nhận;
Hồ sơ bệnh án;
Phiếu chỉ định;
Kết quả kỹ thuật;
Phiếu thu;
Hóa đơn điện tử;
Báo cáo doanh thu;
Bút toán kế toán;
Hồ sơ hoàn tiền.
Dữ liệu tối thiểu cần đồng bộ gồm:
Mã người bệnh;
Mã lượt khám;
Ngày giờ cung cấp dịch vụ;
Tên dịch vụ;
Số tiền;
Khoản giảm giá;
Phương thức thanh toán;
Trạng thái thu tiền;
Số hóa đơn;
Trạng thái điều chỉnh hoặc hủy;
Người thực hiện giao dịch.
Hệ thống nên tự động cảnh báo các trường hợp:
Có lượt khám nhưng không có doanh thu;
Có thu tiền nhưng chưa lập hóa đơn;
Có hóa đơn nhưng không có lượt dịch vụ;
Số tiền trên hóa đơn khác phiếu thu;
Chuyển khoản đã nhận nhưng chưa ghi nhận;
Hóa đơn bị thay thế nhưng doanh thu chưa điều chỉnh;
Dịch vụ đã hủy nhưng chưa hoàn tiền;
Một giao dịch được xuất hóa đơn hai lần.
Việc đồng bộ có thể được thực hiện tự động qua kết nối phần mềm hoặc bán tự động bằng báo cáo xuất dữ liệu. Dù sử dụng phương án nào, phòng khám vẫn phải có người chịu trách nhiệm kiểm tra chênh lệch.
Lưu trữ hóa đơn điện tử
Hóa đơn điện tử cần được lưu dưới dạng bảo đảm có thể kiểm tra tính toàn vẹn và tra cứu khi cần.
Phòng khám nên lưu tối thiểu:
Tệp dữ liệu hóa đơn điện tử;
Bản thể hiện để đọc;
Mã tra cứu;
Thông báo cấp mã hoặc tiếp nhận dữ liệu;
Hồ sơ điều chỉnh hoặc thay thế;
Biên bản thỏa thuận khi cần;
Chứng từ thanh toán;
Tài liệu gắn với giao dịch gốc.
Cấu trúc thư mục có thể tổ chức theo năm và tháng:
Năm 2026 → Tháng 08 → Hóa đơn đầu ra → Ngày 04 → Mã giao dịch.
Dữ liệu nên được sao lưu ít nhất tại hai vị trí độc lập. Phòng khám không nên phụ thuộc hoàn toàn vào tài khoản của nhà cung cấp hóa đơn, vì khi hết hợp đồng, thay phần mềm hoặc mất quyền truy cập, việc lấy lại dữ liệu có thể gặp khó khăn.
Quyền truy cập cũng cần được phân cấp:
Lễ tân được lập giao dịch nhưng không được xóa hóa đơn;
Kế toán được kiểm tra và xử lý nghiệp vụ;
Người quản lý được phê duyệt điều chỉnh;
Bộ phận công nghệ được sao lưu nhưng không tự sửa nội dung;
Mọi thao tác phải có lịch sử người thực hiện và thời điểm thực hiện.
Kiểm tra đối chiếu doanh thu định kỳ
Đối chiếu doanh thu nên được thực hiện theo ba cấp độ.
Đối chiếu cuối ngày:
Số lượt khám;
Số lượt có thu tiền;
Tổng tiền mặt;
Tổng chuyển khoản;
Tổng thanh toán qua QR;
Số hóa đơn đã lập;
Giao dịch chưa hoàn tất;
Tiền thừa hoặc thiếu tại quầy.
Đối chiếu cuối tháng:
Doanh thu phần mềm khám bệnh;
Doanh thu hóa đơn;
Doanh thu kế toán;
Sao kê ngân hàng;
Báo cáo tiền mặt;
Báo cáo công nợ;
Giao dịch hoàn hoặc hủy;
Doanh thu theo từng bác sĩ và dịch vụ.
Đối chiếu trước khi nộp tờ khai:
Doanh thu trên tờ khai;
Doanh thu trên sổ kế toán;
Dữ liệu hóa đơn gửi cơ quan thuế;
Báo cáo tài chính nội bộ;
Các khoản điều chỉnh;
Giao dịch phát sinh sát ngày cuối kỳ.
Mỗi khoản chênh lệch phải có người xử lý, thời hạn xử lý và kết quả bằng văn bản hoặc trên hệ thống. Không nên dùng một dòng “chênh lệch khác” để cân số liệu.
Chuẩn bị hồ sơ phục vụ thanh tra thuế
Phòng khám không nên chờ nhận quyết định kiểm tra mới bắt đầu thu thập hồ sơ. Cơ sở nên duy trì một bộ dữ liệu sẵn sàng giải trình theo từng năm.
Bộ hồ sơ tổng quát gồm:
Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp và phòng khám;
Giấy phép hoạt động và các quyết định điều chỉnh;
Sơ đồ tổ chức và quy trình thu tiền;
Danh sách tài khoản ngân hàng, mã QR và máy tính tiền;
Hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử;
Báo cáo hóa đơn đầu ra;
Hóa đơn và chứng từ đầu vào;
Sổ kế toán;
Tờ khai và báo cáo tài chính;
Sao kê ngân hàng;
Báo cáo tiền mặt;
Hợp đồng với bác sĩ và người lao động;
Hồ sơ mua thuốc, vật tư và thiết bị;
Dữ liệu xuất từ phần mềm quản lý phòng khám;
Biên bản đối chiếu doanh thu định kỳ;
Hồ sơ điều chỉnh sai sót;
Văn bản giải trình các giao dịch bất thường.
Trước khi cung cấp dữ liệu, phòng khám cần rà soát tính thống nhất giữa bản mềm và bản giấy. Không được tự ý sửa dữ liệu gốc sau khi có quyết định kiểm tra. Trường hợp phát hiện sai sót, cơ sở cần lập hồ sơ điều chỉnh hoặc khai bổ sung theo đúng quy trình, đồng thời lưu lại nguyên nhân và người chịu trách nhiệm.
Một “kho dữ liệu an toàn” không chỉ là nơi chứa nhiều tệp. Hệ thống chỉ thực sự an toàn khi chứng từ đầy đủ, dữ liệu thống nhất, quyền truy cập được kiểm soát và mọi giao dịch đều có thể truy ngược từ hóa đơn đến dịch vụ thực tế đã cung cấp.
“Tối ưu chi phí hợp pháp” – Những giải pháp giúp phòng khám quản lý thuế hiệu quả
Tối ưu thuế không phải là che giấu doanh thu, mua hóa đơn hoặc đưa các khoản chi cá nhân vào sổ sách của phòng khám. Giải pháp an toàn là ghi nhận đầy đủ doanh thu, quản lý chứng từ ngay khi giao dịch phát sinh và tận dụng đúng những khoản chi thực tế phục vụ hoạt động khám bệnh, chữa bệnh.
Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 1/10/2025. Nghị định 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành có hiệu lực từ ngày 15/12/2025. Theo nguyên tắc chung, khoản chi muốn được tính khi xác định thu nhập chịu thuế phải thực tế phát sinh, liên quan đến hoạt động của doanh nghiệp và có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp.
Vì vậy, phòng khám muốn giảm rủi ro thuế cần tập trung vào chất lượng hồ sơ chứ không chỉ quan tâm đến số tiền đã chi. Một khoản mua vật tư thực tế nhưng không có hóa đơn, một khoản thuê bác sĩ không có hợp đồng hoặc một thiết bị đứng tên cá nhân nhưng được hạch toán tùy ý đều có thể bị yêu cầu giải trình.
Xây dựng quy trình kế toán nội bộ
Quy trình kế toán nội bộ phải bắt đầu từ thời điểm người bệnh đăng ký khám chứ không phải đến cuối tháng khi kế toán nhận chứng từ. Mỗi bộ phận trong phòng khám cần biết rõ trách nhiệm của mình đối với dữ liệu doanh thu và chi phí.
Quầy tiếp nhận chịu trách nhiệm tạo đúng thông tin người bệnh, mã lượt khám và loại dịch vụ đăng ký. Bác sĩ chịu trách nhiệm lập chỉ định, hoàn thiện hồ sơ chuyên môn và xác nhận dịch vụ đã thực hiện. Thu ngân thu đúng số tiền, lựa chọn đúng phương thức thanh toán và lập hóa đơn theo quy định. Bộ phận kho quản lý việc nhập, xuất thuốc và vật tư. Kế toán kiểm tra, hạch toán và đối chiếu toàn bộ dữ liệu.
Quy trình doanh thu nên được thiết kế theo chuỗi:
Tiếp nhận người bệnh → chỉ định dịch vụ → thực hiện dịch vụ → xác nhận hoàn thành → thu tiền → lập hóa đơn → ghi nhận doanh thu → đối chiếu cuối ngày.
Quy trình chi phí nên được thiết kế theo chuỗi:
Đề nghị mua hàng → phê duyệt → lựa chọn nhà cung cấp → ký hợp đồng hoặc đặt hàng → nhận hàng → kiểm tra hóa đơn → nhập kho hoặc bàn giao sử dụng → thanh toán → hạch toán → lưu hồ sơ.
Phòng khám cũng cần ban hành quy định về thẩm quyền phê duyệt. Chẳng hạn, nhân viên kho được đề nghị mua vật tư nhưng không tự lựa chọn nhà cung cấp; bác sĩ được đề xuất thiết bị chuyên môn nhưng không trực tiếp thanh toán; kế toán được kiểm tra chứng từ nhưng không tự quyết định nhu cầu mua sắm.
Đối với mỗi loại hồ sơ, cần xác định rõ thời điểm chuyển sang kế toán. Hóa đơn mua thuốc, vật tư, điện nước, quảng cáo, phần mềm hoặc bảo trì thiết bị không nên được giữ nhiều tuần tại các bộ phận chuyên môn rồi mới chuyển vào cuối kỳ kê khai.
Cuối mỗi ngày, phòng khám nên lập báo cáo kiểm soát gồm:
Tổng số lượt khám đã tiếp nhận;
Số lượt đã hoàn tất và số lượt đang điều trị;
Tổng doanh thu trên phần mềm;
Tổng tiền mặt, chuyển khoản, quẹt thẻ và ví điện tử;
Số hóa đơn đã lập;
Dịch vụ đã hủy, giảm giá hoặc hoàn tiền;
Khoản chênh lệch chưa xác định được nguyên nhân.
Quy trình càng rõ ràng thì trách nhiệm càng dễ xác định. Khi cơ quan thuế kiểm tra, phòng khám cũng có thể chứng minh rằng số liệu không được kế toán tự tổng hợp thủ công mà hình thành từ một chuỗi dữ liệu có kiểm soát.
Kiểm soát doanh thu theo từng dịch vụ
Phòng khám không nên sử dụng một tài khoản hoặc một mã doanh thu chung cho mọi khoản thu. Việc tách doanh thu theo từng nhóm giúp xác định đúng bản chất giao dịch, chính sách thuế và hiệu quả kinh doanh.
Các nhóm doanh thu cơ bản có thể bao gồm:
Tiền khám bệnh;
Tiền tư vấn chuyên môn;
Xét nghiệm;
Chẩn đoán hình ảnh;
Thủ thuật và phẫu thuật;
Gói khám sức khỏe;
Doanh thu khám chữa bệnh BHYT;
Doanh thu từ bảo hiểm sức khỏe thương mại;
Thuốc và vật tư nằm trong gói điều trị;
Hoạt động bán lẻ thuốc độc lập;
Mỹ phẩm, thực phẩm hoặc hàng hóa bán kèm;
Dịch vụ đào tạo, cho thuê hoặc các hoạt động khác.
Mỗi dịch vụ cần được thiết lập mã thống nhất trên bảng giá, phần mềm quản lý phòng khám, hóa đơn và phần mềm kế toán. Không nên để cùng một kỹ thuật có nhiều tên khác nhau vì sẽ khó đối chiếu doanh thu.
Ví dụ, phần mềm chuyên môn ghi “siêu âm tổng quát”, phiếu thu ghi “dịch vụ chẩn đoán” nhưng hóa đơn lại ghi “khám bệnh”. Khi số lượng giao dịch lớn, sự không thống nhất này sẽ khiến phòng khám khó giải trình dịch vụ thực tế đã cung cấp.
Đối với chương trình giảm giá, khuyến mại hoặc miễn phí, phòng khám cần có quyết định hoặc chương trình được phê duyệt trước. Nhân viên thu ngân không nên tự giảm giá trực tiếp trên phần mềm mà không có lý do và người phê duyệt.
Các khoản đặt cọc và tạm ứng cũng phải được theo dõi riêng, chưa tự động ghi nhận toàn bộ là doanh thu nếu dịch vụ chưa hoàn thành. Khi kết thúc liệu trình, số tiền tạm ứng phải được đối chiếu với chi phí thực tế, số tiền còn phải thu hoặc phải hoàn lại.
Đối với doanh thu BHYT, cần tách tối thiểu ba phần:
Chi phí phòng khám đề nghị quỹ BHYT thanh toán;
Phần người bệnh cùng chi trả;
Phần chi phí ngoài phạm vi hưởng do người bệnh tự thanh toán.
Khoản bị cơ quan bảo hiểm từ chối hoặc giảm thanh toán phải được theo dõi riêng, tránh để số phải thu trên sổ kế toán kéo dài nhưng không có khả năng thu hồi.
Hằng tháng, kế toán nên lập bảng phân tích doanh thu theo khoa, bác sĩ, dịch vụ và phương thức thanh toán. Những biến động bất thường như lượt khám không tăng nhưng doanh thu xét nghiệm tăng mạnh hoặc doanh thu tiền mặt giảm trong khi chuyển khoản không tăng tương ứng cần được kiểm tra.
Rà soát chi phí được trừ
Một khoản chi không được chấp nhận chỉ vì có hóa đơn. Phòng khám còn phải chứng minh khoản chi thực tế phục vụ hoạt động kinh doanh, được phê duyệt đúng thẩm quyền và có hồ sơ phù hợp với bản chất giao dịch.
Việc rà soát nên chia chi phí thành từng nhóm thay vì kiểm tra chung vào cuối năm.
Đối với chi phí nhân sự, hồ sơ có thể gồm hợp đồng lao động, phụ lục hợp đồng, đăng ký hành nghề, lịch làm việc, bảng chấm công, bảng lương, quy chế tiền lương – tiền thưởng và chứng từ thanh toán. Các khoản tiền lương, tiền công đã hạch toán nhưng không thực chi hoặc không có chứng từ thanh toán có thể không được tính vào chi phí được trừ.
Đối với bác sĩ cộng tác, cần xác định quan hệ là lao động hay cung cấp dịch vụ. Hồ sơ nên thể hiện nội dung công việc, thời gian thực hiện, mức thù lao, kết quả công việc, chứng từ chi trả và nghĩa vụ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân khi phát sinh.
Đối với thuốc và vật tư y tế, bộ hồ sơ không chỉ có hóa đơn đầu vào mà còn cần:
Đề nghị mua;
Đơn đặt hàng hoặc hợp đồng;
Phiếu giao hàng;
Phiếu nhập kho;
Biên bản kiểm nhận;
Phiếu xuất kho;
Hồ sơ thể hiện mục đích sử dụng;
Biên bản kiểm kê và xử lý chênh lệch.
Số lượng vật tư xuất kho cần có khả năng đối chiếu với số lượt kỹ thuật đã thực hiện. Nếu phòng khám thực hiện ít dịch vụ nhưng lượng vật tư tiêu hao quá lớn, cơ quan kiểm tra có thể yêu cầu giải trình định mức hoặc mục đích sử dụng.
Đối với máy móc và thiết bị y tế, cần kiểm tra quyền sở hữu, hóa đơn, chứng từ thanh toán, biên bản bàn giao, hồ sơ lắp đặt, nghiệm thu, đưa vào sử dụng và bảng tính khấu hao. Việc trích khấu hao tài sản không đúng quy định có thể làm khoản chi không được chấp nhận.
Thiết bị đứng tên giám đốc hoặc bác sĩ không nên tự động ghi nhận thành tài sản của phòng khám. Các bên cần hoàn thiện thủ tục mua bán, góp vốn, cho thuê hoặc cho mượn phù hợp với tình trạng thực tế.
Đối với chi phí thuê mặt bằng, hồ sơ cần gồm hợp đồng thuê, giấy tờ của bên cho thuê, biên bản bàn giao, chứng từ trả tiền và tài liệu về nghĩa vụ thuế của bên cho thuê nếu có. Nếu phòng khám sửa chữa lớn mặt bằng thuê, cần phân biệt chi phí sửa chữa thường xuyên với khoản phải phân bổ trong nhiều kỳ.
Đối với quảng cáo trên Facebook, Google hoặc nền tảng nước ngoài, cần lưu tài khoản quảng cáo, bảng kê giao dịch, sao kê thẻ, hóa đơn hoặc chứng từ do nhà cung cấp phát hành, hợp đồng với đơn vị quảng cáo và tài liệu chứng minh nội dung phục vụ phòng khám.
Không nên thanh toán quảng cáo từ tài khoản cá nhân rồi chỉ chụp ảnh màn hình để đưa vào chi phí. Nếu bắt buộc sử dụng thẻ cá nhân, phòng khám cần có cơ chế ủy quyền, hoàn ứng và hồ sơ chứng minh giao dịch được thực hiện cho doanh nghiệp.
Kiểm tra định kỳ hóa đơn đầu vào và đầu ra
Hóa đơn cần được kiểm tra ngay khi nhận hoặc phát hành, không nên chờ đến thời điểm lập tờ khai thuế. Càng phát hiện muộn, phòng khám càng khó yêu cầu nhà cung cấp điều chỉnh hoặc thu thập tài liệu bổ sung.
Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi quy định về hóa đơn, chứng từ và có hiệu lực từ ngày 1/6/2025. Vì vậy, phòng khám cần cập nhật quy trình lập, điều chỉnh, thay thế và truyền nhận hóa đơn điện tử theo quy định đang áp dụng.
Đối với hóa đơn đầu vào, kế toán cần kiểm tra:
Tên, địa chỉ và mã số thuế của phòng khám;
Thông tin người bán;
Ngày lập hóa đơn;
Tên hàng hóa, dịch vụ;
Số lượng, đơn giá và thành tiền;
Thuế suất hoặc nội dung không chịu thuế;
Chữ ký số và mã của cơ quan thuế nếu thuộc trường hợp có mã;
Tình trạng hoạt động của người bán;
Sự phù hợp giữa hóa đơn, hợp đồng và hàng hóa thực nhận.
Một hóa đơn ghi “hàng hóa theo thỏa thuận” hoặc “dịch vụ tháng này” nhưng không có hợp đồng, bảng kê hoặc biên bản nghiệm thu đi kèm sẽ khó chứng minh nội dung chi phí.
Đối với hóa đơn đầu ra, cần kiểm tra sự thống nhất giữa hồ sơ chuyên môn, phiếu thu, thông tin thanh toán và nội dung hóa đơn. Tên dịch vụ không nhất thiết phải sao chép toàn bộ chẩn đoán của người bệnh nhưng phải phản ánh đúng giao dịch đã cung cấp.
Phòng khám phải đặc biệt kiểm soát các trường hợp:
Người bệnh không yêu cầu lấy hóa đơn;
Người bệnh yêu cầu xuất hóa đơn sau thời điểm thanh toán;
Doanh nghiệp mua gói khám sức khỏe cho người lao động;
Người bệnh đặt cọc và điều trị nhiều lần;
Hủy dịch vụ hoặc hoàn tiền;
Lập sai thông tin người mua;
Hóa đơn trùng giao dịch;
Dịch vụ đã lập hóa đơn nhưng chưa thực hiện;
Doanh thu BHYT được thanh, quyết toán theo kỳ.
Phòng khám sử dụng phần mềm quản lý khám chữa bệnh và viện phí có thể tổng hợp lập hóa đơn cuối ngày đối với người bệnh không yêu cầu lấy hóa đơn, nhưng dữ liệu của từng giao dịch phải được lưu giữ và có khả năng truy xuất. Khi người bệnh yêu cầu, cơ sở phải lập hóa đơn giao cho người bệnh theo quy định.
Cuối mỗi tháng, kế toán cần đối chiếu ba nguồn:
Doanh thu trên phần mềm phòng khám = Tổng giá trị hóa đơn đầu ra = Doanh thu ghi nhận trên sổ kế toán.
Nếu có chênh lệch, phải xác định rõ đó là đặt cọc, dịch vụ chưa hoàn thành, hóa đơn điều chỉnh, khoản hoàn tiền, công nợ hoặc lỗi dữ liệu. Không nên sử dụng một bút toán tổng hợp để xóa chênh lệch mà không có hồ sơ chứng minh.
Ứng dụng phần mềm quản lý kế toán và phòng khám
Phần mềm chỉ thực sự hữu ích khi các hệ thống có thể kết nối hoặc ít nhất sử dụng chung bộ mã dữ liệu. Nếu phần mềm tiếp nhận, phần mềm chuyên môn, phần mềm kho, phần mềm hóa đơn và phần mềm kế toán hoạt động tách biệt, nhân viên sẽ phải nhập lại nhiều lần và dễ phát sinh sai lệch.
Phòng khám nên ưu tiên hệ thống có các chức năng:
Tạo mã duy nhất cho mỗi lượt khám;
Liên kết chỉ định với dịch vụ đã thực hiện;
Tự động chuyển dịch vụ hoàn thành sang bộ phận thu ngân;
Theo dõi đặt cọc và công nợ theo người bệnh;
Phân loại doanh thu theo dịch vụ;
Lập hóa đơn điện tử từ dữ liệu viện phí;
Quản lý nhập – xuất – tồn thuốc và vật tư;
Theo dõi số lô và hạn sử dụng;
Quản lý tài sản và lịch bảo trì;
Phân quyền người dùng;
Lưu lịch sử chỉnh sửa;
Kết xuất dữ liệu sang phần mềm kế toán;
Sao lưu và phục hồi dữ liệu.
Quyền truy cập phải được thiết kế theo vị trí công việc. Bác sĩ không cần quyền xóa phiếu thu; thu ngân không được sửa kết quả chuyên môn; nhân viên kho không được thay đổi doanh thu; kế toán không được tự bổ sung dịch vụ vào hồ sơ người bệnh.
Mọi thao tác hủy dịch vụ, sửa giá, đổi người thanh toán hoặc điều chỉnh số tiền phải có lịch sử người thực hiện, thời điểm và lý do. Đây là căn cứ quan trọng khi phòng khám kiểm tra nội bộ hoặc giải trình với cơ quan thuế.
Dữ liệu cần được sao lưu theo nhiều lớp. Không nên chỉ lưu trên máy tính đặt tại quầy thu ngân. Phòng khám cần có bản sao lưu định kỳ, cơ chế phục hồi khi xảy ra sự cố và quy trình bảo mật thông tin người bệnh.
Phần mềm cũng phải được rà soát khi chính sách thuế hoặc hóa đơn thay đổi. Việc nhà cung cấp phần mềm cập nhật chậm không miễn trách nhiệm của phòng khám đối với hóa đơn và dữ liệu đã phát hành.
“Bàn cân lựa chọn” – Tự làm kế toán hay thuê dịch vụ kế toán thuế?
Không có một phương án phù hợp với mọi phòng khám. Việc tự tổ chức bộ phận kế toán hay thuê dịch vụ bên ngoài phụ thuộc vào quy mô, số lượng giao dịch, mô hình hoạt động, số lao động, mức độ phức tạp của kho thuốc – vật tư và khả năng kiểm soát nội bộ.
Phòng khám nhỏ có ít lượt khám có thể thuê dịch vụ kế toán để giảm chi phí nhân sự. Phòng khám đa khoa, có BHYT, nhiều bác sĩ, nhiều thiết bị hoặc bán thêm thuốc và hàng hóa thường cần ít nhất một nhân sự nội bộ phụ trách dữ liệu, kể cả khi đã thuê đơn vị bên ngoài kê khai thuế.
| Tiêu chí | Tự thực hiện | Thuê dịch vụ kế toán |
|---|---|---|
| Theo dõi hóa đơn | Phụ thuộc năng lực nhân sự nội bộ | Thường có quy trình kiểm tra chuyên nghiệp |
| Kê khai thuế | Có nguy cơ sai khi chính sách thay đổi | Được cập nhật quy định thường xuyên |
| Kiểm soát chứng từ | Chủ động nhưng tốn nhiều thời gian | Có hệ thống tiếp nhận và phân loại hồ sơ |
| Hỗ trợ thanh tra thuế | Phụ thuộc kinh nghiệm của kế toán | Có thể có kinh nghiệm giải trình nhiều hồ sơ |
| Chi phí quản lý | Có thể cao do lương, bảo hiểm và phần mềm | Dễ thỏa thuận và dự toán theo gói |
| Hiểu hoạt động chuyên môn | Theo sát giao dịch thực tế tại phòng khám | Cần thời gian tiếp nhận và hiểu mô hình |
| Tốc độ xử lý phát sinh | Nhanh nếu nhân sự có mặt thường xuyên | Phụ thuộc phạm vi và thời gian phản hồi |
| Bảo mật dữ liệu | Kiểm soát trong nội bộ | Cần hợp đồng và cơ chế bảo mật rõ ràng |
| Trách nhiệm cuối cùng | Phòng khám chịu trách nhiệm | Phòng khám vẫn là chủ thể chịu trách nhiệm |
| Khả năng mở rộng | Phải tuyển thêm nhân sự | Có thể nâng cấp gói dịch vụ |
Khi nào phòng khám nên tự tổ chức bộ phận kế toán?
Phương án tự thực hiện phù hợp khi phòng khám có số lượng giao dịch lớn, nhiều cơ sở, nhiều loại doanh thu hoặc cần theo dõi dữ liệu theo thời gian thực. Nhân sự kế toán làm việc trực tiếp sẽ dễ kiểm tra quầy thu ngân, kho thuốc, hồ sơ mua sắm và các khoản thanh toán hằng ngày.
Phòng khám nên cân nhắc kế toán nội bộ khi có một hoặc nhiều đặc điểm sau:
Có nhiều lượt khám mỗi ngày;
Có nhiều khoa hoặc chuyên khoa;
Có hoạt động khám BHYT;
Có nhà thuốc hoặc bán hàng hóa;
Có nhiều hợp đồng khám sức khỏe doanh nghiệp;
Có lượng thuốc và vật tư tồn kho lớn;
Đầu tư nhiều thiết bị giá trị cao;
Có nhiều bác sĩ cộng tác;
Thường xuyên phát sinh đặt cọc, trả góp hoặc hoàn tiền;
Ban lãnh đạo cần báo cáo quản trị hằng tuần.
Ưu điểm của kế toán nội bộ là nắm được giao dịch ngay khi phát sinh. Tuy nhiên, phòng khám phải tuyển đúng người, phân tách nhiệm vụ và tổ chức kiểm tra chéo. Không nên để một người vừa thu tiền, giữ tiền, lập hóa đơn, ghi sổ và đối chiếu ngân hàng.
Nhân sự nội bộ cũng phải được đào tạo về đặc thù y tế. Kế toán giỏi thương mại nhưng không hiểu hồ sơ bệnh án, dịch vụ chuyên môn, BHYT hoặc quản lý thuốc – vật tư vẫn có thể hạch toán sai.
Khi nào phòng khám nên thuê dịch vụ kế toán thuế?
Thuê dịch vụ phù hợp với phòng khám mới thành lập, quy mô nhỏ, giao dịch chưa nhiều hoặc chưa đủ nguồn lực duy trì một bộ phận kế toán hoàn chỉnh.
Dịch vụ kế toán có thể hỗ trợ:
Thiết lập ban đầu về hóa đơn và sổ sách;
Hướng dẫn luân chuyển chứng từ;
Kê khai các loại thuế;
Lập báo cáo tài chính;
Quyết toán thuế thu nhập cá nhân;
Rà soát chi phí được trừ;
Kiểm tra hóa đơn;
Chuẩn bị hồ sơ giải trình;
Cảnh báo rủi ro trước thanh tra thuế.
Tuy nhiên, đơn vị dịch vụ không có mặt thường xuyên tại phòng khám nên khó tự phát hiện tiền thu ngoài phần mềm, vật tư đã sử dụng nhưng chưa xuất kho hoặc bác sĩ nhận tiền trực tiếp từ người bệnh. Phòng khám vẫn cần một đầu mối nội bộ tập hợp và kiểm tra dữ liệu trước khi chuyển cho bên dịch vụ.
Những giới hạn khi thuê dịch vụ kế toán
Thuê dịch vụ không có nghĩa là chuyển toàn bộ trách nhiệm pháp lý cho đơn vị kế toán. Người đại diện theo pháp luật và phòng khám vẫn chịu trách nhiệm về tính trung thực, đầy đủ của chứng từ, hồ sơ khai thuế và báo cáo tài chính.
Đơn vị kế toán chỉ có thể xử lý tốt khi được cung cấp đầy đủ dữ liệu. Nếu phòng khám che giấu doanh thu, chuyển chứng từ chậm hoặc không thông báo các hoạt động mới, báo cáo được lập vẫn có thể sai dù bên dịch vụ có chuyên môn.
Một số gói dịch vụ chỉ bao gồm kê khai thuế định kỳ mà không bao gồm:
Kiểm soát doanh thu hằng ngày;
Quản lý kho thuốc và vật tư;
Tính giá thành từng dịch vụ;
Quản lý công nợ BHYT;
Kiểm kê tài sản;
Rà soát hợp đồng bác sĩ;
Làm việc trực tiếp khi thanh tra;
Phục hồi sổ sách của các năm trước.
Do đó, phòng khám cần đọc kỹ phạm vi công việc thay vì chỉ so sánh mức phí.
Tiêu chí lựa chọn đơn vị kế toán thuế cho phòng khám
Đơn vị phù hợp không chỉ phải hiểu thuế mà còn cần có khả năng xử lý đặc thù của cơ sở y tế. Khi lựa chọn, phòng khám nên đánh giá:
Thứ nhất, kinh nghiệm làm kế toán cho phòng khám, bệnh viện, nhà thuốc hoặc doanh nghiệp y tế.
Thứ hai, khả năng phân loại doanh thu khám chữa bệnh, BHYT, thuốc, vật tư, mỹ phẩm và dịch vụ khác.
Thứ ba, quy trình tiếp nhận, kiểm tra và phản hồi chứng từ.
Thứ tư, người chịu trách nhiệm trực tiếp và thời gian phản hồi khi có vấn đề.
Thứ năm, phạm vi hỗ trợ khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.
Thứ sáu, biện pháp bảo mật dữ liệu người bệnh, doanh thu và thông tin nhân sự.
Thứ bảy, khả năng bàn giao dữ liệu khi hợp đồng chấm dứt.
Hợp đồng dịch vụ phải quy định rõ công việc, thời hạn, nghĩa vụ cung cấp chứng từ, trách nhiệm khi kê khai sai, phạm vi giải trình, bảo mật và điều kiện chấm dứt hợp đồng.
Mô hình kết hợp – Giải pháp phù hợp với nhiều phòng khám
Đối với nhiều phòng khám, phương án hiệu quả nhất không phải hoàn toàn tự làm hoặc giao toàn bộ cho bên ngoài mà là mô hình kết hợp.
Phòng khám bố trí một nhân sự nội bộ phụ trách:
Thu thập chứng từ;
Đối chiếu doanh thu;
Quản lý hóa đơn;
Theo dõi kho;
Kiểm tra tiền mặt và ngân hàng;
Cung cấp hồ sơ nhân sự;
Phối hợp với các bộ phận chuyên môn.
Đơn vị dịch vụ bên ngoài phụ trách:
Kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ;
Hạch toán;
Kê khai thuế;
Lập báo cáo tài chính;
Cập nhật chính sách;
Rà soát rủi ro;
Hỗ trợ quyết toán và giải trình.
Mô hình này giúp phòng khám có người theo dõi giao dịch tại chỗ nhưng vẫn sử dụng được chuyên môn và kinh nghiệm của đơn vị tư vấn.
Năm câu hỏi cần trả lời trước khi quyết định
Trước khi lựa chọn, chủ phòng khám nên trả lời năm câu hỏi:
Phòng khám phát sinh bao nhiêu lượt giao dịch mỗi tháng?
Có bao nhiêu nguồn doanh thu và phương thức thanh toán?
Kho thuốc, vật tư và tài sản có phức tạp không?
Ban quản lý cần báo cáo theo ngày, tháng hay chỉ theo quý?
Ngân sách dành cho kế toán và kiểm soát nội bộ là bao nhiêu?
Nếu giao dịch ít và mô hình đơn giản, thuê dịch vụ có thể tiết kiệm hơn. Nếu phòng khám có nhiều luồng doanh thu, lượng tồn kho lớn và cần báo cáo liên tục, bộ phận kế toán nội bộ hoặc mô hình kết hợp sẽ an toàn hơn.
Dù lựa chọn phương án nào, phòng khám không nên giao khoán hoàn toàn vấn đề thuế cho một cá nhân hoặc đơn vị dịch vụ. Chủ cơ sở cần định kỳ xem báo cáo doanh thu, chi phí, công nợ, thuế phải nộp và các rủi ro còn tồn tại. Quản lý thuế hiệu quả chỉ đạt được khi dữ liệu chuyên môn, hóa đơn, dòng tiền và sổ kế toán được kiểm soát trong cùng một hệ thống.
“Kho giải đáp nhanh” – Câu hỏi thường gặp về hóa đơn và kế toán thuế của phòng khám
Phòng khám có bắt buộc xuất hóa đơn cho mọi bệnh nhân không?
Phòng khám phải thực hiện việc lập hóa đơn theo quy định của pháp luật về hóa đơn, chứng từ. Đối với các khoản thu từ hoạt động khám chữa bệnh và các dịch vụ khác phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn, cơ sở cần xuất hóa đơn điện tử đúng thời điểm, đúng nội dung và lưu trữ đầy đủ dữ liệu. Việc thực hiện đúng quy định không chỉ giúp phòng khám tuân thủ pháp luật mà còn tạo thuận lợi khi quyết toán thuế và giải quyết khiếu nại của người bệnh.
Dịch vụ khám chữa bệnh có phải chịu thuế GTGT không?
Theo quy định hiện hành, dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho người thuộc đối tượng được miễn thuế giá trị gia tăng. Tuy nhiên, phòng khám có thể phát sinh các hoạt động khác như bán hàng hóa, mỹ phẩm, thực phẩm chức năng hoặc dịch vụ ngoài phạm vi khám chữa bệnh, khi đó cần xác định riêng nghĩa vụ thuế của từng hoạt động. Vì vậy, phòng khám nên hạch toán doanh thu theo từng nhóm dịch vụ để bảo đảm kê khai thuế chính xác.
Khi nào phải kê khai thuế theo tháng hoặc theo quý?
Chu kỳ kê khai thuế của phòng khám được xác định theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và căn cứ vào quy mô hoạt động của doanh nghiệp. Sau khi thành lập hoặc khi có thay đổi về doanh thu, cơ sở cần xác định đúng kỳ kê khai để nộp tờ khai đúng thời hạn. Việc kê khai không đúng kỳ hoặc nộp chậm có thể dẫn đến xử phạt vi phạm hành chính và phát sinh tiền chậm nộp.
Chi phí mua thiết bị y tế có được tính vào chi phí hợp lý không?
Chi phí mua máy móc, thiết bị y tế, dụng cụ chuyên môn và tài sản phục vụ hoạt động khám chữa bệnh có thể được ghi nhận là chi phí được trừ hoặc được trích khấu hao theo quy định nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện về hóa đơn, chứng từ, thanh toán và phục vụ trực tiếp cho hoạt động kinh doanh. Phòng khám cần lưu giữ hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và hồ sơ bàn giao tài sản để chứng minh tính hợp pháp của khoản chi.
Phòng khám có cần phần mềm kế toán riêng không?
Pháp luật không bắt buộc mọi phòng khám phải sử dụng một phần mềm kế toán cụ thể. Tuy nhiên, việc ứng dụng phần mềm kế toán chuyên nghiệp giúp quản lý doanh thu, chi phí, hóa đơn điện tử, tài sản, công nợ và báo cáo tài chính chính xác hơn. Khi phần mềm kế toán được kết nối với phần mềm quản lý phòng khám và hóa đơn điện tử, dữ liệu sẽ được đồng bộ, giảm sai sót và tiết kiệm thời gian xử lý.
Hồ sơ kế toán phải lưu trong bao lâu?
Toàn bộ sổ kế toán, chứng từ kế toán, hóa đơn điện tử, báo cáo tài chính, tờ khai thuế và các tài liệu liên quan phải được lưu trữ theo đúng thời hạn do pháp luật quy định. Việc lưu giữ đầy đủ hồ sơ giúp phòng khám có căn cứ giải trình khi cơ quan thuế, cơ quan bảo hiểm xã hội hoặc cơ quan thanh tra tiến hành kiểm tra trong những năm tiếp theo.
Nếu phát hiện sai hóa đơn đã lập thì xử lý như thế nào?
Khi phát hiện hóa đơn điện tử có sai sót, phòng khám cần xử lý theo đúng quy trình do pháp luật về hóa đơn điện tử quy định. Tùy từng trường hợp cụ thể như sai thông tin người mua, sai mã số thuế, sai số tiền hoặc sai thuế suất, cơ sở sẽ thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn và gửi dữ liệu đến cơ quan thuế theo quy định. Việc xử lý kịp thời sẽ hạn chế rủi ro về thuế và bảo đảm tính chính xác của hồ sơ kế toán.
Thanh tra thuế thường kiểm tra những nội dung gì tại phòng khám?
Khi thanh tra hoặc kiểm tra thuế, cơ quan thuế thường tập trung vào tính đầy đủ của doanh thu, việc xuất hóa đơn điện tử, kê khai thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân, chi phí tiền lương, chi phí mua thuốc và vật tư y tế, khấu hao tài sản cố định, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hồ sơ bảo hiểm xã hội, báo cáo tài chính và sự thống nhất giữa số liệu kế toán với dữ liệu hóa đơn điện tử. Nếu phòng khám chuẩn hóa hồ sơ ngay từ đầu và lưu trữ đầy đủ chứng từ, quá trình thanh tra sẽ diễn ra thuận lợi và giảm đáng kể nguy cơ bị truy thu hoặc xử phạt.
Hóa đơn và kế toán thuế của phòng khám tư nhân cần được thực hiện đúng quy định ngay từ khi phòng khám đi vào hoạt động. Việc tổ chức công tác kế toán khoa học, xuất hóa đơn đúng quy định, kê khai và nộp thuế đầy đủ sẽ giúp phòng khám giảm thiểu sai sót, đáp ứng yêu cầu của cơ quan quản lý, nâng cao uy tín với khách hàng và tạo nền tảng tài chính vững chắc cho sự phát triển bền vững trong tương lai.
